Написание состредоточиться является именно орфографической ошибкой, причем довольно типичной. Графическая ошибка – это ненормативное написание, противоречащее слоговому принципу графики и официально признанным отклонениям от него. Напр., такое написание, как *льук вместо люк нарушает правило графики, согласно которому мягкость парной согласной фонемы (в данном случае /l’/) перед гласной (в данном случае /u/) обозначается соответствующей йотированной гласной буквой (ю). Написания *дайут вместо дают или *бйут, *бьйут вместо бьют также содержат графические ошибки, т. к. сочетание /ju/ по правилам графики следует обозначать буквой ю. Графические ошибки имеет смысл отграничивать от орфографических, нарушающих правила, устанавливаемые орфографией. Так, написание ъ вместо ь в слове бьют (ср. *бъют) будет орфографической ошибкой, т. к. выбор между ъ и ь в качестве разделительных знаков определяется орфографией, которая устанавливает правила конкретных морфем и слов. Иногда графическими ошибками называют также нарушения в начертании букв (например, «n» вместо «и»).

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Запятая нужна, и она должна быть парной: необходимо выделить весь оборот в соответствии с пунктом 7 протокола совещания об оборудовании автодорожной и железнодорожной составляющих транспортного перехода через Керченский пролив системами пожаротушения с забором воды из акватории Керченского пролива от 16 ноября 2020 г. Прочитать о постановке знаков препинания в при оборотах с непервообразными (производными) предлогами можно в «Справочнике по пунктуации».