«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила

   И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.

В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила,

   И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли. 

Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом. 

В приведенном предложении замена сравнительного оборота на наречие возможна, если в контексте на первый план выступает значение обстоятельства образа действия (см. параграф 42.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Чтобы дать более определенный ответ на вопрос, необходим контекст.

О запятой между четырех и связанных попарно см. ответ на вопрос 321890. Запятая между обстоятельственными сочетаниями на большом сером верблюде и в четырёх связанных попарно корзинах возможна, так как здесь действительно можно усмотреть отношения уточнения. См. также ответ на вопрос 318421.