Медиа может быть как первой частью сложных слов, так и самостоятельным словом (в значении 'СМИ').

Если между медиа и эксперт стоит дефис (как в приведенном Вами примере, здесь у Вас дефис, а не тире), то это одно слово, ошибочно написанное через дефис вместо слитного написания. Если слова соединены тире (медиа — эксперт), тогда это два слова, в данном случае о медиа сообщается, что оно (они) эксперт в чем-либо.

В данном предложении запятая перед чтобы не нужна. Запятая поставлена перед составным подчинительным союзом вместо того чтобы: Сотрудники спрятали найденные на кладбище три трупа, вместо того чтобы зарегистрировать их.

Слово центр следует писать с маленькой буквы.

Постановка запятой не требуется. 

Грамматически обоснованным является написание ООО «Оптика плюс».

Грамматически верно: Прошу зарегистрировать вселенного мной моего несовершеннолетнего ребенка.

Но лучше использовать шаблон заявления, рекомендованный учреждением.

Да, возможно (и очень вероятно) и такое толкование. Таким образом, написание будет зависеть от значения: считаные (=немногочисленные, прилагательное от глагола несовершенного вида считать) и считанные (= те, которые были считаны; причастие от глагола совершенного вида считать, который употребляется как информационный термин в знач. 'получить, снять информацию'). Ответ на вопрос № 282347 дополнен. Спасибо!

Вы правы, корректно слитное написание. С существительными, прилагательными, наречиями на -о не пишется слитно, если слово с не можно заменить близким по значению словом без не (в данном случае, как Вы верно указываете, – простой, обыденной). Такая возможность как раз и говорит о том, что не – приставка, образующая особое слово.

Корректно: зарегистрировать в книге, перерегистрировано в книге.

Верно: зарегистрировать в общежитии.