Дело в том, что Алматы – казахское название города. Русское название (фиксируемое в словарях русского языка и употребляемое в речи) – по-прежнему Алма-Ата. Поэтому по-русски правильно только так: Алма-Ата расположена.

Если всё-таки нужно употребить в русском тексте казахское название Алматы, можно воспользоваться общим правилом: род несклоняемых существительных, обозначающих географические названия, определяется по роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. В данном случае это слово город (мужского рода), поэтому можно написать: Алматы расположен.

Пунктуация зависит от смысла:

Настоящим подтверждается, что Иванов Иван Иванович, генеральный директор ОАО «Алмаз», с 01.04.2014 является членом партии (подтверждается, что Иванов – член партии с 01.04.2014).

Настоящим подтверждается, что Иванов Иван Иванович, генеральный директор ОАО «Алмаз» с 01.04.2014, является членом партии (подтверждается, что Иванов – член партии, а дата относится к названию должности: он генеральный директор с 01.04.2014).

Обратите внимание: название должности генеральный директор пишется строчными; слово года не пишется, если дата указывается цифрами. Или: с 1 апреля 2014 года.

Верно: Большая алма-атинская кольцевая автомобильная дорога.

На этом месте может стоять запятая или тире. К. Паустовский (автор этих слов) выбрал тире.

Верно: Алма-Атинская область.

Верно: алмаатинцы.

Запятые не нужны. Наречие особенно не обособляется.

Форма родительного падежа мн. числа существительного сверло – свёрл.

Корректен первый вариант.

По-русски этот город по-прежнему называется Алма-Ата, склоняется вторая часть этого названия: в Алма-Ате. Если название города употребляется в форме Алматы (каз.), оно не склоняется: в Алматы.