Как правило, верно: инструкция по.
Лучше: по договору.
Слово онлайн-заполнение еще не зафиксировано словарями, но его появление вполне закономерно по аналогии с онлайн-общение, онлайн-голосование, поэтому рекомендуем: онлайн-заполнение заявок.
Если речь идет исключительно об онлайн-заявках, то лучше написать: заполнение онлайн-заявок.
Нам не удалось найти примера употребления, но как термин рекомендуем писать это слово через дефис.
Если имеется в виду "после поступления", то верно: по поступлении денежных средств. Если имеется в виду другое, для ответа требуется контекст.
Правильно: отчет о чем-л.
Правильно склонять в первом случае обе части: заявление-анкета, заявления-анкеты и т. д. Во втором случае правильно: плащ-палатка, плащ-палатки и т. д. (вторая часть склоняется как существительное первого склонения).
