В данном предложении запятая перед первым союзом и не требуется. Однако оно требует некоторой корректировки: Обращаю Ваше внимание на то, что вышеуказанные пункты отсутствуют в проекте либо выполнены не в полном объеме и что при их предоставлении и последующем рассмотрении могут быть выявлены новые замечания. 

В «Орфографическом словаре русского языка» 1991 г. фиксировалось слово попугаячий, в «Русском орфографическом словаре» 1999 г. написание было изменено на попугаичий. Современная норма — попугаичий.

К приведенным примерам указанное правило не применимо: в них нет однородных сказуемых при одном подлежащем, как нет и «независимых предложений». В первом случае союз и связывает две части, объединенные разговорной вопросительной частицей а если (эта частица приведена, в частности, в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентниых слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003)) и, соответственно, общей вопросительной интонацией, что отменяет постановку знаков препинания (см. пункт 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): А если я израсходую их и что-то случится? Во втором случае мы имеем дело со сложноподчиненным предложением, в котором придаточная часть находится перед главной, что допускает постановку тире: Когда он вернётся — мне конец.

Действительно, глаголы близки по значению, но тем не менее семантически и стилистически различаются, что уже «предсказано» их происхождением. Глагол чужда́ться употребляется в книжной речи (прежде всего в научной), это предопределяет его семантическое разнообразие и сравнительно широкую сочетаемость. У глагола чураться интересная этимология: он образован от слова-заклинания чур и сохраняет в значении признак «бояться, остерегаться». В речевом обороте (не) чураться работы отражено именно представление о том, боится или нет человек работы.

Здесь проблема не в пунктуации. Предлог включая и союз в том числе обозначают одно и то же, их совместное употребление в предложении избыточно. Кроме того, хотя приведено только начало предложения, можно предположить в нем речевую недостаточность: прежде чем выделять какую-то часть из целого с помощью союза в том числе или предлога включая, нужно назвать это целое, сравним: Прошу направить информацию о компаниях, в том числе об ООО «Ромашка» / включая ООО «Ромашка».

Для постановки кавычек нет оснований: кавычки указывают на непривычное значение, необычное употребление слова, но значение слова завтра ''ближайшее будущее' фиксируется словарями (заглянуть бы в наше завтра!), т. е. необычным такое употребление назвать нельзя. Если же есть опасения, что при написании без кавычек читатель может не понять смысла фразы, тогда лучше ее перестроить.

Геннадий, так мы и не утверждаем, что ударение на втором слоге в русском языке нормативно только потому, что так говорят по-английски. Спасибо за ссылку на словарь Ефремовой! Но вот терминологические справочники с этим словарем не согласны. «Большой энциклопедический словарь медицинских терминов» Э. Г. Улумбекова (2012 г.) фиксирует ударение в спорном слове на втором слоге.

В некотором смысле Вы правы. Иногда в документах фиксируются ошибочные написания. Затем в документах, подчиненных первым, воспроизводят эти ошибки. 

Здесь нет т. н. слов автора (сказала, произнесла, удивилась, крикнула и т.д.), после которых ставится двоеточие.