Эти написания не регламентируются правилами. Однако можно рассуждать так. Условное название станции, команды корректно писать в кавычках. Личные позывные можно писать как имена и прозвища: без кавычек и оба слова с прописной буквы. При этом в профессиональной среде закрепилось написание в кавычках.

В официальных текстах единственно приемлемый вариант — сопровождать подобные названия родовым словом (тем самым «словом-классификатором»): между ООО «Газпром экспорт» и компанией N был заключен договор... Иные варианты слишком неформальны.

В общих руководствах по правописанию для подобных названий правила нет. Слитное, раздельное, дефисное написание иностранных географических названий подчиняется особым правилам, их называют правилами русской передачи географических названий, и они разные для разных языков или групп языков. Но Вы правы в том, что части иностранных названий по-русски пишутся, как правило (а может быть, и всегда), через дефис. Полагаем, что на эту тенденцию нужно ориентироваться и при написании вымышленных названий. 

Прилагательное в краткой форме смущена пишется по сложившейся традиции, которая закреплена в словарях. Это отглагольное прилагательное, как и многие другие, не подчиняется правилу. Как раз сейчас Орфографическая комиссия РАН занимается этой проблемой. Надеемся, что правило удастся уточнить. 

Формы мн. числа ригеля и шпинделя являются профессионализмами. Литературная норма — ригели и шпиндели, см., наприимер, данные словаря «Русское словесное ударение». 

Во втором предложении: В нашей клинике ведут прием... (здесь уже нарицательное существительное).

«Большая российская энциклопедия» — издание, которое создается под эгидой Российской академии наук, то есть авторитет его достаточно высок.

В прошлом году интересное исследование провел «Яндекс». Согласно его результатам, чаще всего пользователи Интернета ошибались в словах «комментарий», «девчонка» и «жесткий». Те или иные ошибки при написании этих слов совершали в каждом четвертом случае. Список самых сложных слов из поисковых запросов – в difficultwords.xml" target=_blank>полной версии исследования.

Возможны оба варианта. При этом сочетание соревнование по уборке урожая означает, что соревновались в том, кто лучше соберет урожай. А вот сочетание соревнование на уборке урожая, строго говоря, означает, что во время уборки урожая происходило какое-то соревнование (возможно, боролись за звание самой веселой бригады).

Вы привели фрагмент из «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 года, официально действующих до сих пор (на нашем портале представлена электронная версия этого свода). В отличие от некоторых других предписаний «Правил» 1956 года (формально не отмененных, но не соответствующих современной практике письма), это правило «работает».