Гласная о здесь передает звук [о], поскольку на нее падает второстепенное (побочное) ударение.

В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.

В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.

Это слово не закреплено словарями. Норма его написания устанавливается на наших глазах, и сейчас конкурируют разные варианты.

Наиболее соответствующим системе русского языка является написание коронокризис. Существительное образовалось от слов коронавирус и кризис. Гласная о между основами пишется по правилу о соединительной гласной между частями сложного слова. А существительные с соединительной гласной, опять-таки по правилу, должны писаться слитно. 

Асистемное написание с а провоцируется уже хорошо освоенным заимствованным термином коронавирус и игрой слов (существительное корона стало употребляться в значении «коронавирус» и само по себе экспрессивно). Интересно, что на начальном этапе освоения термина коронавирус его орфография колебалась: носителям русского языка хотелось писать его с гласной о. Однако норма с а была установлена еще до начала эпидемии на основе этимологии и закрепившегося употребления у специалистов, зафиксирована академическим орфографическим словарем (подробнее об этом в ответе № 305085). В новообразовании также значительно преобладает написание с а. Через дефис слово пишут часто, но все же реже, чем слитно. Ближайшая, широко известная аналогия оказывается сильнее системы.

Так как слово еще осваивается языком, выбор его орфографии пока остается за пишущими. И каждый может повлиять на его судьбу – встанет ли оно в один ряд со словами, орфография которых подчиняется общим законам, или окажется исключением, обусловленным влиянием особых языковых и внеязыковых факторов.

Вы выбрали правильный ответ. Сочетание ить в инфинитиве – это не окончание. Гласная буква перед ть входит в основу (ср., напр.: солить, солил, соливший), а ть – суффикс инфинитива. 

Листик и листка – это формы разных слов. Гласная и в слове листик проверяется по правилу формой листика. Гласная не выпадает, поэтому пишем ик. Листка – форма слова листок.

Перед суффиксом прошедшего времени -л- пишется та же гласная, что и в инфинитиве перед -ть(ся): развесить – развесили.

Верно: выковырянные.

Слово коронавирус образовалось не в русском языке, оно было заимствовано. Гласная а на конце первой части этого слова была унаследована от языка-источника. Такова судьба некоторых других заимствованных слов, например: вибрафон, гексаген, дельтаплан, ротавирус.

См. ответ на вопрос № 304975.

Предпочтительно склонение без выпадения гласной.