Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы, разумеется, нарушает орфографическую норму русского языка. Конечно, если в таком виде (каждое слово с прописной) название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания надо придерживаться. Но в другого рода текстах (в том числе в газетной статье, посвященной данной организации) следует руководствоваться правилами русского правописания и писать: Инженерный центр новых технологий.

Здесь нет ошибки: в русском языке довольно свободный порядок слов, и части составных союзов вполне могут разделяться несколькими словами, например: Я только тогда бываю спокоен, когда она сидит у меня на коленях и я пою ей: «Ой за гаем, гаем!» (Л. Вертинская). Мы потому так подробно остановились на этой ситуации с проблемой четырех красок, что, знай о ней Витгенштейн, она привлекла бы его внимание (В. Успенский).

Оборот тогда и только тогда — специфическая формулировка, которая используется чаще всего в математике, логике и философии и часто выносится в начало предложения.

Вы правы, обновить базу пора, и мы работаем над этим. 

По правилам русской орфографии названия национальностей пишутся со строчной буквы. В текстах, написанных на русском языке, эти правила должны соблюдаться.

Ваш вывод в целом верен. Слова шпатлевка, шпатлевать, шпатлевание и другие с частью -шпатл- характеризуются рядом нормативных словарей как специальные произносительные варианты соответствующих общеупотребительных слов с частью -шпакл-. См., например, данные орфографического словаря. Сфера применения первых — узкая, профессиональная.

Согласны с Вами, следует придерживаться написания, принятого в законодательстве России.

Запятая нужна. Ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя: Князь так поражен, что не знает, что делать.

Мы передадим Ваше замечание главному редактору словаря Сергею Александровичу Кузнецову.