Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

Вы совершенно правы, в приведенном контексте это выражение не является вводным.

1. Поясняющие приложения (в приведенном предложении это не сказуемое) нужно выделить парными знаками: Они совершают еще один ритуал — окунание в снег или ныряние в прорубь — или заменяют его обливанием ледяным душем.

2. Тире в неполном предложении, которое является частью сложного, корректно: Если летом парение в сауне больше похоже на расслабляющую спа-процедуру, то зимой — на глубокий прогрев.

3. В эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым) при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Таким образом, верно как с тире после КФУ, так и без него.

4. Предложение содержит минимум два законченных утверждения, каждое из которых необходимо оформить отдельно. Сочетание в свою очередь («в ответ, со своей стороны») в таком контексте некорректно, предлагаем выразить противительные отношения с помощью других средств, например союза но: Так как до 1985 года наблюдались достаточно сильные морозы, в лесу было голодно и холодно, волки старались подходить ближе к жилью человека, при этом они выли на луну. С помощью воя животные общаются между собой и передают друг другу определенную информацию, но люди решили связать такое поведение волков с полнолунием.

В обоих случаях нет необходимости в запятой перед "и".

См. правило орфографии:

§ 202.

С прописной буквы пишутся местоимения Вы, Ваш как форма выражения вежливости при обращении к одному конкретному лицу в письмах, официальных документах и т. п., напр.: Поздравляем Вас..., Сообщаем Вам..., В ответ на Ваш запрос...

Так же пишутся слова Вы и Ваш в текстах, предназначенных для многократного использования, типа анкет, реклам, листовок.

Подобные примеры не представлены в справочниках, но полагаем, что здесь можно действовать по аналогии со случаями употребления деепричастного оборота, однородного с необособленным обстоятельством, сравним примеры в примечании 6 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: …Вдруг завопила она раздирающим воплем  и залившись слезами (Дост.); Остановив Власову, он одним дыханием  и не ожидая ответов  закидал её трескучими и сухими словами (М.Г.). Таким образом, Вы корректно поставили знаки препинания в предложении.

В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слов или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]), зафиксированные в словарях. Что касается омофонии (одинакового звучания разных слов типа ЕС и ЕЭС), то она встречается в языке, в том числе и среди аббревиатур.