Корректные варианты: 1) по отделению «Науки о Земле» в секцию «Океанология, физика атмосферы и география»; 2) по отделению наук о Земле в секцию океанологии, физики атмосферы и географии.

Сочетание вовсе не приводится в пункте 2 параграфа 147 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина среди слов, усиливающих отрицание. При наличии этого сочетания не пишется раздельно: вовсе не изученные материалы.

Возможны оба варианта — с обособлением и без. Подробнее см. ответ на вопрос № 313007.

Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.

Прямая речь внутри авторских слов верно оформлена в первом варианте.

Такой перенос возможен, он не нарушает ни одного из правил переноса. Другие возможные переносы: ком-пьютер, компью-тер.

Такой перенос не противоречит правилам.

При числительных два, три, четыре, двое, трое, четверо сказуемое обычно ставится в форме множественного числа: ...существуют три субрегиональные группы.

1. Склонение/несклонение аббревиатур связано всего лишь с традицией их употребления. Слово СПИД появилось в нашей речи еще в 1980-е годы и практически сразу стало восприниматься как полноценное существительное мужского рода, то есть приобрело способность склоняться и оформляться строчными буквами, например: Такая же участь ожидает нашу страну и наш народ, который теперь по государственному указу получает прививку духовного СПИДа, который грозит нам окончательной духовной гибелью [Г. В. Свиридов. Музыка как судьба (1987)]; Название этой страшной болезни тогда еще он не знал, но речь шла о спиде [Василий Катанян. Лоскутное одеяло (1980–1989)]. Аббревиатура ВИЧ, как показывает статистика, распространена существенно меньше.

2. В контексте в начале было слово присутствует не наречие, а существительное с предлогом, так как речь идет о начале начал.

3. Ударение в фамилиях на -их, -ых падает на окончание лишь в том случае, если это двусложные фамилии: Больши́х, Долги́х и т. п. В фамилиях с тремя и более слогами ударение такое же, как в исходных прилагательных: Полевы́х, но Пова́ренных. Сдвиг ударения в фамилиях первого типа отчасти можно объяснить тенденцией к ритмическому равновесию.

Не образуется краткая форма от качественных прилагательных, которые:
1) имеют характерные для относительных прилагательных суффиксы -ск-, -ов-/-ев-, -н-: коричневый, кофейный, братский;
2) обозначают масти животных: каурый, вороной;
3) имеют суффиксы субъективной оценки: высоченный, синенький.