Корректно: Уведомляем Вас, что в случае отсутствия ответа на вышеуказанные письма с приложением подписанного со стороны ООО «Рога и копыта» акта решение вопроса о начислении штрафов будет инициировано в судебном порядке.

Правильно: в течение 3 дней.

Рекомендации словарей, действительно, разнятся. На наш взгляд, корректным следует считать написание Остров свободы как соответствующее общему правилу: в образных названиях государств и городов с прописной буквы пишется первое слово, а также (если они есть) собственные имена. Ср.: Страна тюльпанов (о Голландии).

В современном русском языке падежей действительно шесть. Вот выдержка из «Русской грамматики»:
Категория падежа представлена шестью рядами форм, каждая из которых является носителем определенного комплекса категориальных морфологических значений. Эти ряды обозначаются как 1) именительный падеж, 2) родительный падеж, 3) дательный падеж, 4) винительный падеж, 5) творительный падеж и 6) предложный падеж.

На практике это сочетание заключается в кавычки примерно в половине случаев, т. е. написание неустоявшееся. На наш взгляд, кавычки можно снять, ведь все слова здесь употреблены в своих привычных значениях (у прилагательного красный значение 'относящийся к революционной деятельности, к революции, к коммунизму' давно уже не является необычным). Разнобой в ответах устранен.

Турагент – слово, используемое в официальной речи: в Федеральном законе «Об основах туристской деятельности в Российской Федерации» употребляется только турагент и отсутствует понятие турагентство (слово турагент используется в законе для обозначения и индивидуального предпринимателя, и юридического лица). Но в обиходной устной и письменной речи, в публицистике существительное турагентство вполне можно использовать.

Существительное занятие, обозначающее форму спортивной или какой-либо активной практической деятельности, сохраняет то же управление, что и глагол заниматься: заниматься йогой, аэробикой и пилатесом, занятия йогой, аэробикой и пилатесом. Предлог по обычно используют в сочетаниях с наименованиями учебных предметов, подразумевающих и их теоретическое освоение; ср. занятие по физике, по русскому языку. 

Запятая перед в лице не требуется, в остальном знаки препинания расставлены верно.

Слово генерального следует писать с маленькой буквы.

Слова в связи с чем сами по себе запятыми не выделяются, запятая перед ними обусловлена строем предложения.

Вот как эти варианты описывает справочник "Управление в русском языке" Д. Э. Розенталя:

Специализироваться по чему - приобретать специальные познания, навыки в какой-либо отрасли науки или техники.

Специализироваться в чем и на чем - закрепляться за какой-либо одной специальной областью деятельности или сферой использования.

Таким образом, верно: студент специализируется по физиотерапии; компания специализируется в  нефтедобыче (на нефтедобыче).