Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

Ни в одном справочнике нам не удалось найти оснований для того, чтобы не ставить запятую.

В справочнике Розенталя указано, что усилительные частицы не отделяются запятой от вводных слов. Но так в данном случае не усилительная частица. Здесь она имеет значение 'следовательно, значит, стало быть'. Кроме того, вводное слово в Вашем примере легко переставить или изъять.

В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:

Существует вещество, которое очищает воздух. 

Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.

Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.

Самим строгим образцам книжно-письменной речи будет соответствовать форма отметил. Сказуемое ставится в форме мужского рода, если оно предшествует сочетанию «название должности + собственное имя». Возможно, есть смысл переставить слова, чтобы использовать форму женского рода сказуемого и придать тексту меньшей строгости, официальности: «Мы планируем создать единый экостандарт», — отметила Ольга Иванова, руководитель предприятия.

Запятая перед вторым союзом или, закрывающая придаточную часть чтобы начать все сначала, нужна.

Если эта часть относится только к сказуемому перейдите и не относится к сказуемому воспользуйтесь, то запятая нужна и перед первым или. В этом случае предложение можно перестроить так: Воспользуйтесь меню, или, чтобы начать все сначала, перейдите на главную, или просто расслабьтесь и выпейте чайку. 

В этом предложении нужна только одна запятая перед но. Обратите внимание, что вторая часть предложения составлена небезупречно, и ее лучше перестроить: На данный момент сумма кешбэка может отображаться неверно, но в процессе обработки заказа на Ваш баланс поступит правильная сумма.

Если Вы имеете в виду синтаксическую роль, которую выполняет словосочетание в предложении, то это обстоятельство времени.

В первом предложении запятая не требуется, это простое предложение с однородными сказуемыми.

В предложении о Гагарине запятая нужна, так как это сложное предложение. Подлежащие здесь: Гагарин и он. Но следует сказать, что в целом предложение составлено некорректно (местоимение он обычно указывает на ближайшее существительное мужского рода, а это существительное космос, а не Гагарин). Фразу следует перестроить.

Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.

Верно: организациями, предоставляющими услуги на базе МФЦ. Обратите внимание, что после встречи пропущен предлог с. Правильно: встречи с органами государственной власти. Также рекомендуем перестроить начало предложения.

Таким образом, корректный вариант: Дополнительно сообщаю, что для сотрудников МФЦ Пензенской области ежемесячно проводятся обучающие семинары, встречи с органами государственной власти Пензенской области, а также организациями, предоставляющими услуги на базе МФЦ.