Не дежурная следует писать раздельно.

Горло – многозначное слово (словари отмечают 4 значения, два из них связаны с человеческим телом). Да, второе значение слова горло – 'общее название зева, глотки и гортани' (т. е. то, что «внутри шеи»): простудить горло, прополоскать горло, в горле пересохло.  Но первое значение этого существительного – именно 'передняя часть шеи': быть по горло в воде, укутать шарфом горло. Сочетание потрогал его горло корректно.

Присоединительный союз в том числе употреблен некорректно. Его функция – обозначать, выделять предмет, на который среди прочего распространяется сказанное в предыдущей части. См. «Справочник по пунктуации». Предложение содержит и другие погрешности (например, заинтересованность в активностях), поэтому его необходимо перестроить в целом.

Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.  

Номер дома играет роль уточнения по отношению к названию улицы, поэтому его следует выделить с двух сторон: На Ленина, 5, случилась авария.

Наличие этих вариантов связано с тем, что оборот как мираж можно считать относящимся к определению белый на белом, а можно решить, что он относится к сказуемому появился (появился, как мираж). В первом случае не закрываем запятой определение (оно не заканчивается на слове белом), а во втором случае — закрываем.

Верно: зрение на левом глазу.

Вариант повестка дня, конечно, тоже возможен (что у нас на повестке дня?), но тогда лишним будет уже слово заседание, его надо будет убрать.

Пунктуация верна. В первой части между подлежащим и сказуемым допустимо тире. Однако, на наш взгляд, в контексте всего предложения тире излишне, так как оно будет акцентировать внимание на сказуемом в первой части, которое отрицается, а главную информацию несет на себе вторая часть, утвердительная.