Корректно: органы гостехнадзора, но инспекция Гостехнадзора Московской области. Во втором случае представлено офифициальное наименование. 

Термин «medium rare» вполне возможно использовать с сохранением оригинальной графики. В современных орфографических словарях это наименование в написании кириллическими буквами пока не зафиксировано.

Самотлорское месторождение — географическое название, написание которого подчиняется правилу, приведенному в параграфе 169 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина; название Самотлорское нефтяное месторождение включено в «Словарь собственных имен». Сочетание месторождение «Самотлор» представляет собой условное наименование (Самотлор — озеро, рядом с которым находится месторождение), наподобие сочетаний типа остановка «Улица Лесная» (которая, возможно, находится не на улице Лесной, а рядом); см. параграф 175 того же справочника.

Первый вариант корректен. Второй вариант предполагает, что оба существительных употребляются с одним и тем же предлогом.

В таких случаях мы имеем дело с рядом приложений, относящихся к одному существительному — имени собственному. Приложения являются однородными (а значит, должны разделяться запятыми), если характеризуют лицо или предмет с одной стороны, указывают близкие признаки. Такими признаками считаются, в частности, наименования ученых степеней и ученых званий, почетные звания. Судя по примерам, приводимым в параграфе 11.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, если в ряд, состоящий из подобных приложений, добавляется наименование должности, оно также однородно по отношению к этим приложениям. 

Официальное название, закрепленное в российском законодательстве, — федеральная территория «Сириус». Это изначально условное название — наименование образовательного центра.

Судя по данным Национального корпуса русского языка, отвлеченное существительное содержание употребляется в форме множественного числа в двух типах текстов — в научных статьях по химии (например: Введение мало-нонитрила позволило расширить интервал определяемых содержаний меди до 6 пг — 0,1 мкг) и в трудах по философии и психологии (например: И лишь затем в виде цельной, внутри самого индивида неразложимой схемы переживания играют конструктивную (а порой, как мы увидим, и деструктивную) роль в продуцировании духовных содержаний). Ваш случай не относится ни к тому, ни к другому типу, здесь уместно единственное число существительного содержание. 

Запятая перед одиночным определением следующим не нужна; знаки препинания в сочетании начальнику управления Иванову И.И. не требуются. Оборот с союзом как в приведенном предложении имеет значение  приравнивания, отождествления (не сравнения), а потому не нуждается в обособлении: Осуществить закупку [у] ООО «Наименование» как у единственного поставщика.

Да, причастный оборот нужно закрыть запятой.

Наименование департамента, в котором использован предлог по, встречается еще в девятнадцатом веке; ср. департамент по ученой части. Современные названия, созданные на основе модели с предлогом по, объединяют самые разные департаменты: по работе, по развитию, по вопросам, по защите, по недропользованию, по транспорту и другие. Вывод: наименования департаментов неоднотипны с грамматической точки зрения.