Авторы, как правило, не своевольничают, а пишут в соответствии с "буквой закона", то есть по правилам. Правила правописания регламентируют обязательное употребление буквы Ё в книгах для младших школьников, в некоторых учебных изданиях (кстати, наряду с обязательной постановкой ударения в таких изданиях), а также в ряде слов с целью предупредить ошибочное прочтение слова (например, слова все и всё).

Подвергнутый - причастие прошедшего времени, которое полностью соотностится по значению со словом подвергнуть. Подверженный - прилагательное со следующими значениями:

ПОДВЕРЖЕННЫЙ, -ая, -ое; -жен, -а, -о.
1.
Постоянно подвергающийся чему-л. П. опасностям.
2.
Предрасположенный к чему-л. П. простуде. Морской болезни я не подвержен.
3. Устар.
Зависимый, подчиняющийся кому-, чему-л. П. закону. Жена подвержена мужу. < Подверженность, -и; ж. П. простуде, бронхиту.

Корректно: Наша компания осуществляет лицензированный вывоз отходов I, III, IV классов опасности. Деятельность по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I–IV классов опасности подлежит лицензированию согласно Федеральному закону № 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности". Компания "Золушка" осуществляет деятельность на основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере природопользования: серия 78 № 00139 от 05 февраля 2016 г. (бессрочно).

В этом случае нет оснований для постановки запятой.

Это очень непростой вопрос. Лингвисты, разумеется, кодифицируют ту или иную норму с опорой не только на действующие правила и языковые тенденции, но и на практику письма. Однако первична всё же теория, а не практика, если говорить коротко. Вот яркий пример —  кодификация вариантов параолимпийский и паралимпийский в академическом орфографическом словаре:  

параолимпи́йский и (офиц.) паралимпи́йский [изменено, ср. РОС 2012: параолимпи́йский]

паралимпи́йский (офиц.) и параолимпи́йский [добавление 2018].

Если обьяснять подробно, то ситуация такова: с точки зрения орфографических норм правильно только написание параолимпийский; однако официальные документы эту норму игнорируют, используя неверное написание паралимпийский, поэтому его тоже приходится фиксировать в словаре, но с пометой офиц. 

В стилистически нейтральных контекстах оба сочетания неудачны. Поэтому желательно их избегать. Возможная замена: те, кто пользуется информацией.

Однако раз это сочетание закреплено в законе, игнорировать его в юридической речи невозможно. В толковых словарях приводятся примеры и с род. падежом управляемого слова, и с тв. падежом: пользователь (чего?) компьютера и пользователь (чем?) компьютером. Соответственно, запретить какую-то из конструкций пока нет оснований, допустимы обе. Возможно, со временем победит «узаконенный» вариант.

Для обособления обстоятельственного оборота с предложным сочетанием в рамках нет оснований. Заметим, что само это сочетание в приведенном предложении употреблено неуместно, так как обозначает «ограничиваясь (только этим), охватывая (только это)» и сочетается с отвлечёнными существительными, например: Действовать в рамках закона; Рассуждать в рамках сегодняшних представлений. С названием страны нужно использовать предлог в: в современной России. Кроме того, при редактировании предложения желательно устранить нанизывание трех подряд конструкций с предлогом в.

При необходимости истолковать статьи федерального закона (в частности, Трудового кодекса) следует обращаться к специалистам, обладающим познаниями в соответствующей области права. Именно специалистам в области трудового права следует адресовать вопросы о том, какой смысл вложен в статьи Трудового кодекса и в их фрагменты, какими критериями руководствовались законодатели, выбирая те или иные грамматические формы терминов. Ответы справочной службы русского языка на вопросы № 323060, 323821, 324909, как и другие ответы, содержат только лингвистические сведения.