Сочетание при всём (моём) уважении (к N) играет роль обстоятельства уступки (= «хотя я уважаю N»). Обстоятельства, выраженные формами существительных с предлогами, могут обособляться «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Как правило, в начале предложения обособление таких обстоятельств неуместно, а в позиции между подлежащим и сказуемым — как в Вашем примере — оно нужно. Что касается последнего примера, то в нем, находясь в конечной позиции, это обстоятельство образует присоединительную конструкцию.

Это неполное предложение с пропущенным сказуемым, которое можно прочитать как с паузой, так и без паузы; в зависимости от этого в нем ставится или не ставится тире. Кроме того, в контексте с большой вероятностью возникает необходимость логически подчеркнуть обстоятельство пешком, что влечет вынесение обстоятельства кто куда в присоединительную конструкцию. Возможные варианты пунктуации: А дальше — пешком, кто куда; А дальше пешком — кто куда. Окончательное решение принимается с учетом контекста.

Это зависит от выражаемого смысла и соответствующих интонационных различий.

1. Если смысл сводится к утверждению того, что некто не отсутствовал, а именно был (находился, присутствовал...) в известном месте, то интонационно выделяется глагол: Он БЫЛ здесь. Противоположным по смыслу к этому варианту будет предложение Он отсутствовал, Его здесь не было. В таком случае сказуемое простое глагольное — был. Здесь является в этом случае обстоятельством.
2. Если смысл сводится к информации о местонахождении кого-либо в известное время, то интонационно выделяется наречие: Он был ЗДЕСЬ. В настоящем времени это же предложение звучит как Он здесь. Отрицанием этого варианта будет предложение Он был не здесь (а за углом). Эту конструкцию использует, кстати, персонаж Н. Михалкова в фильме «Вокзал для двоих»: — Меня ищешь? А я вооон там! В этом случае сказуемое составное именное: был — формальная связка, здесь — именной компонент.

Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.

В этих предложениях обстоятельство цели, выраженное сочетанием существительных с первообразным (непроизводным) предлогом для. В справочниках по русской пунктуации, в частности в параграфе 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, указано, что подобного рода обстоятельства факультативно «обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения». Находясь, однако, в начальной позиции в предложении, они не могут ничего пояснять, тем более «попутно»; фона, на котором они могли бы быть выделены, также нет. Следовательно, обособлять обстоятельство в нашем случае нет оснований. Показательно, что в цитируемом параграфе приведены только такие примеры, в которых обстоятельство находится в срединной позиции в предложении.

На колени здесь входит в состав сказуемого.

Собрание — подлежащее; состоится — сказуемое.

Обстоятельство слева направо невозможно считать уточнением или пояснением в строгом понимании этих терминов, поскольку в предложении нет уточняемых или поясняемых обстоятельств. Впрочем, это обстоятельство выполняет конкретизирующую функцию по отношению к сочетанию Вот они, в чем сближается по смыслу с уточнением, так что поставить здесь запятую будет уместно.