Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.

Наименование «Госключ» корректно писать в кавычках. О написании наименования 1С см. в ответе на вопрос № 293757.

Правильно: Директор компании «Ромашка» интегрировал систему с «Госключом». Если компания свое наименование пишет без кавычек, то в кавычках останется только название «Госключ».

Во избежание двусмысленности разумнее использовать описательный оборот: корабли, принадлежащие компании "Дело". 

Слово двойник в данном случае следует склонять как неоодушевленное существительное: компания структурировала данные и получила цифровой двойник объекта недвижимости. 

Да, в этих примерах словосочетания склоняются правильно: в компании «Белоруснефть»; в «Белоруснефти»; на АЗС компании «Белоруснефть»; на АЗС «Белоруснефти».

Надеемся на понимание: у нас нет возможности полностью редактировать создаваемые Вами тексты. Для улучшения навыков написания и редактирования Вам могут помочь пособие А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой "Справочник издателя и автора: редакционно-издательское оформление издания", а также словари и справочники, размещенные на нашем портале. 

В официальных текстах единственно приемлемый вариант — сопровождать подобные названия родовым словом (тем самым «словом-классификатором»): между ООО «Газпром экспорт» и компанией N был заключен договор... Иные варианты слишком неформальны.

Во избежание разночтений и грамматических дилемм в деловом (судя по всему) тексте рекомендуется сопроводить наименование родовым словом и с ним согласовывать сказуемое, например: Компания «Кубань – Промышленные инновации» выходит в перспективную рыночную нишу.

В этом случае речь идет о свете, а не о цвете, поскольку компания занимается техническим освещением мероприятий. Следовательно, правильно: мастера белого света.

Запятая перед союзом и нужна, поскольку он соединяет части сложного предложения: Хорошего согласования, и пусть потери будут только в кабелях. Его первая часть неполная, восстанавливается примерно как [Желаем Вам] хорошего согласования.