У носителей фамилий, которые совпадают с именами нарицательными, а а также с личными именами или географическими названиями, возникает стремление отличить эти фамилии при помощи переноса ударения (см. фамилии Крыса́, Бо́рец и под.), но чаще всего — при помощи несклонения этих фамилий. Поэтому несклонение подобных фамилий допускается. Однако фамилии, совпадающие с существительными жен. рода (Даль — даль, Метель — метель и т. п.), должны последовательно склоняться, так как именно склонение позволяет отличить их отсоответствующих апеллятивов: с Владимиром Далем, об Иване Метеле. 

Спасибо за интерес к нашим публикациям! Действительно, существуют разные системы транслитерации, но нам было важно показать в статье сам принцип "перекодировки", а не описывать и тем более не продвигать какую-то конкретную его реализацию. Ссылку на нормы ИКАО (Международной организации гражданской авиации) мы привели в связи с конкретной сферой использования транслитерации — написанием имен и фамилий в загранпаспорте. На этом примере мы хотели показать житейскую проблему, с которой столкнулись многие люди из-за наличия разных вариантов транслитерации. Мы нигде не утверждали, что этот вариант — самый распространенный, самый правильный или соответствует ГОСТу.

Интересующие Вас фамилии имеют украинское происхождение. В украинском языке согласный перед суффиксом -енко произносится как твердый. 

Иностранные фамилии при словах типа династия, дом, семья обычно используются в форме единственного числа: семья Оппенгейм. В Ваших примерах Виндзор и Тюдор — это тоже формы единственного числа. 
Наличие слов дом, династия и др. не влияет на склоняемость таких фамилий.
Более подробную информацию о сложных случаях склонения фамилий Вы найдёте в «Письмовнике».

См. https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pismovnik/kak-sklonyat-familii-obshchie-rekomendatsii

Да, склоняется. Мужские фамилии, имеющие основы на согласные и нулевое окончание в именительном падеже (на письме они кончаются согласной буквой, ь или й), кроме фамилий на -ых, -их, склоняются как существительные второго склонения мужского рода, т. е. правильно: Безносюка, Безносюку, Безносюком, о Безносюке.

Фамилия Тужий может быть воспринята двояко: как имеющая окончание -ий и склоняющаяся как прилагательнее (Тужего, Тужему, о Тужем) и как имеющая нулевое окончание со склонением по образцу существительных (Тужия, Тужию, о Тужии). 
Л. П. Калакуцкая в работе «Склонение фамилий и личных имён в русском литературном языке» (1984) пишет, что подобные фамилии (Бабий, Бокий и др.) обычно склоняются как существительные типа гений, магний. Однако то обстоятельство, что в данной фамилии ударение падает на окончание, свидетельствует о том, что фамилию Тужий стоит склонять как существительное второго склонения: Тужия, Тужию, Тужию, о Тужии.


 

Да, эти мужские фамилии склоняются — как и все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный (кроме фамилий на -ых, -их).

Склонение ряда фамилий (как в единственном, так и во множественном числе) оказывается затруднительным из-за неясности, должна ли в них сохраняться беглость гласных по образцу омонимичных им или похожих по внешнему виду нарицательных существительных (Кравеца или Кравца — от Кравец,  Журавеля или Журавля — от Журавель, Мазурока или Мазурка — от Мазурок и т. п.). Разрешение таких затруднений не может быть обеспечено правилами. Однако многие кодификаторы полагают, что выпадение гласных при склонении таких фамилии нежелательно, так как оно мешает выводимости форм именительного падежа из форм косвенных падежей. 

Отсутствие склонения части Ван в именовании Винсента Ван Гога объясняется тем, что Ван здесь — служебное слово. Согласно правилам орфографии служебные слова (артикли, предлоги и др.) ван, да, дас, де, делла, дель, дер, ди, дос, дю, ла, ле, фон и т. п., входящие в состав западноевропейских и южноамериканских фамилий, пишутся со строчной буквы, напр.: Людвиг ван Бетховен, Леонардо да Винчи, Оноре де Бальзак, Лопе де Вега, Альфред де Мюссе, Хуана Инес де ла Крус, Лукка делла Роббиа, Андреа дель Сарто, Роже Мартен дю Тар, Женни фон Вестфален, Макс фон дер Гоюн, Жанна д’Арк; Ортега-и-Гассет, Риего-и-Нуньес. Однако в некоторых личных именах служебные слова традиционно пишутся с прописной буквы (как правило, если прописная пишется в языке-источнике), напр.: Ван Гог, Д’Аламбер, Шарль Де Костер, Эдуардо Де Филиппо, Ди Витторио, Этьен Ла Боэси, Анри Луи Ле Шателье, Ле Корбюзье, Эль Греко, Дос Пассос.