Первый вариант соответствует рекомендации «Ководства» Артемия Лебедева. Удобен для восприятия и часто используется такой вариант записи: +7 (999) 666-33-44.

Предлагаем такой вариант: Они его — по их же заверениям!.. — потеряли пять лет назад.

Общий принцип такой: слова соединяют косой чертой без пробела, а если хотя бы по одну сторону от знака стоит словосочетание, то нужны и пробелы, например: и/или, слова / сочетания слов. 

Сочетание не фиксируется словарями. Полагаем, что правильным следует считать вариант с побочным ударением на первом слоге — óвощно-грибна́я. В русском языке нет сложных прилагательных такой же модели, в которых ударение в первой части падало бы на соединительную гласную о. С функциональной точки зрения оправдано выделение ударением не соединительной гласной — фонетической прослойки между основами, а слога в части, несущей на себе лексическое значение. Ритмически вариант óвощно-грибна́я более удобный.

Сочетание неудачно. Предлагаем такой вариант: спустя пять лет после рассмотрения спора. 

В предложении отсутствует временно́е согласование сказуемых. Возможен такой вариант: Пациент был растроган до слез, когда терапевтическая лошадь положила голову ему на грудь.

Предлагаем такой вариант: шесть человек (трое — вооруженные автоматами) остановили патруль.

На Ваш вопрос мы попросили ответить Ольгу Евгеньевну Иванову, ведущего научного сотрудника Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, одного из разработчиков «Академоса». Вот что написала нам Ольга Евгеньевна:

Проблема здесь – различение наречия (пишется отдельно от второй части) и первой части сложного прилагательного. Этот вопрос до сих пор не решен, потому что нет никаких очевидных формальных признаков, по которым можно четко разграничить сложное прилагательное с «первой наречной частью» и словосочетание наречия с прилагательным (в том числе отпричастным). Данный материал во всем его необозримом объеме является словарным, то есть определяется не правилом (формально-то оно есть: наречие пишется отдельно), а по словарю, при этом написание в словаре отдельных слов/словосочетаний нередко индивидуально и устанавливается на основании многих критериев.

Так, очень важный критерий для выявления наречия – оно указывает на актант качественного или отпричастного прилагательного (на объект или субъект глагольной группы): архитектурно выверенный проект – в проекте выверена архитектура, архитектурная составляющая (объект). У нас: индивидуально-ориентированный, предметно-ориентированный, комплексно-ориентированный и системно-ориентированный – по данному критерию это тоже наречия, предшествующие отпричастному прилагательному (ориентированный на индивидуальное восприятие, обучение, на учебный предмет, на целую группу предметов, явлений, процессов, на систему или системность чего-либо). Но здесь вступает в действие другой критерий, а именно терминологичность данных сочетаний и, соответственно, закрепленность их употребления и написания в определенной сфере (здесь: образование, педагогика, методика обучения), где они пишутся – с подавляющим преимуществом – дефисно.

Этот второй критерий – терминологичность – делает данные сочетания исключениями из раздельного написания. Кроме того, из сферы раздельного написания, которое можно было бы предположить, данные слова выводит также отсутствие в текстах актуализаторов собственно наречного значения для первой части (указание на степень проявления качества: нельзя сказать *очень, сильно, глубоко, интенсивно индивидуально-ориентированное обучение, системно-ориентированное проектирование, комплексно-ориентированная модель) и отсутствие глагольных признаков времени, места, протяженности, актуальности действия или представления о деятеле, субъекте действия, наличия дополнения для второй отпричастной части. Поэтому данные единицы и были включены в словарь в дефисном написании, исходя из всех этих соображений и при учете реального функционирования в современных текстах.

Добавим, что подробно об этой проблеме написано в работе Е. В. Бешенковой и О. Е. Ивановой «Теория и практика нормирования русского письма», опубликованной на сайте Орфографической комиссии: https://www.ruslang.ru/doc/ortho/BeshenkovaIvanova-2016-normpisma.pdf (стр. 190–210).

Предлагаем такой вариант: В состав набора входит пять кубиков: два – с гранью 20 см, два – 15 см и один – 5 мм.

Правильно: что ни говори; двух-трехлетний (но: 2–3-летний), из-за генетики. Что касается последнего вопроса: вовсе не обязательно приводить всю фразу, предлога из-за вполне достаточно, чтобы однозначно сказать: никакого другого окончания, кроме окончания -и, у слова генетика в этом сочетании быть не может.