Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

В этой конструкции повторяющийся сочинительный союз то ли соединяет однородные придаточные части сложноподчиненного предложения с союзом чтобы (главная часть — она надела капюшон). В подобных случаях запятая между сочинительным и подчинительным союзом (союзным словом) не ставится: ...она надела капюшон. То ли чтобы укрыться от дождя, то ли чтобы скрыть улыбку. Сравним пример из пункта 5 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Глубокой осенью, собравшись вокруг костра, мы с удовольствием вспоминали, как недавно в этих местах мы собирали грибы и ягоды, и как приезжали к нам в гости друзья из города, и как всем было весело и беззаботно.

Название без родового слова пустошь, по всей видимости, должно склоняться (посреди Коммона), но лучше не убирать родовое слово. Этот географический объект мало известен, и поясняющее слово необходимо, чтобы понять, о чём говорится: посреди пустоши Коммон.

Запятую не следует убирать. Ваше предложение не относится к правилу об отсутствии запятой после присоединительного союза, так как вводное слово стоит после подчинительного союза. Подробнее о пунктуации при сочетании как(,) например см. в «Справочнике по пунктуации».

Обособление оборотов, присоединяемых предлогом на основании, факультативно (о факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в «Справочнике по пунктуации»). Окончательное решение принимает автор. В тексте вопроса, о котором идет речь, запятая в предложении присутствовала, не было причин ее убирать.

Да, объяснение есть. Валенки пишется через е, потому что исторически связано с причастием валенный, образованным от глагола валить в значении «скатывать, сбивать что-либо из шерсти». В современном русском языке слово валенки является исключением, так как соотносится с глаголом валять, с сочетанием валяные сапоги.

Большой толковый словарь

В этих конструкциях значение времени совмещено с условным значением, что бывает нередко. Ведь отношениями обусловленности, как правило, связаны явления, которые находятся и в определенных временны́х отношениях друг с другом. Наличие условного значения подчеркивается частичкой то, которая чаще всего входит в состав условного союза если… то.

Поэтому разумнее всего не выбирать между двумя возможностями, а указывать оба значения: перед нами предложения с совмещенным значением времени и условия.

Дополнительным аргументом может служить возможность заменить союз когда союзом если: Если мы прощаем друг другу непохожесть…, то налаживаем отношения с людьми.

В предложениях же с «чистым» значением времени замена союза когда союзом если невозможна: Когда солнце взошло, туристы сняли лагерь и отправились дальше.

Двойное н в этом слове пишется потому, что глагол нарезать, от которого оно образовано, совершенного вида. Слитное написание возникает в некоторых контекстах, сравним указание на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря»:

«Иногда бывает сложно различить в контексте причастие-прилагательное и причастие. Если окружающий контекст позволяет актуализировать глагольные признаки времени, места, протяженности, актуальности действия или представление о деятеле, субъекте действия, то мы считаем употребленное в таком контексте слово причастием, во всех прочих случаях — прилагательным-причастием. Ср., напр., причастия в контекстах: кустарник, густо растущий у входа в пещеру, скрывает петроглифы на стене; густо исписанный мелкими значками листок — и прилагательные в контекстах: для маскировки лучше выбирать густорастущий кустарник, обнаружены густоисписанные записные книжки».

Нет, знаки препинания расставлены неправильно.
Исправленный вариант: Овраг, образованная водотоками ложбина, с разбегу выскакивает на песчаный берег, скрипучие вязы резко останавливаются, подавшись назад, но ручья удержать не могут — хрустальной струёй он вливается в реку, собирая на песчаной отмели шаловливых рыбешек, безобидно маленьких и ни на что не годных.