В принципе выделительно-ограничительная частица лишь может относиться как к предшествующему, так и к последующему слову (сочетанию). Другое дело, что в данном случае, если предположить, что частица относится к знаем, смысл предложения будет неясен: лишь знаем, но не можем сказать, как звали того, кому трактат адресован?.. При отнесенности частицы к придаточной части таких логических затруднений не возникает, но предложение выглядит неудачным стилистически и требует редактирования, сравним: Парадоксальным образом мы знаем лишь имя того, кому трактат адресован.

По правилам не с глаголами всегда пишется раздельно, так что корректно только не быть. Однако логика Ваших рассуждений нам вполне понятна. Полагаем, что Вам любопытно будет прочитать статью М. Н. Эпштейна "Отрицание как утверждение. Интегральная модель написания не с глаголами и другими частями речи". https://www.emory.edu/INTELNET/dar312.htm

Предложение не вполне ясно (не следует ли его как-то перестроить?), но запятую перед причастным оборотом поставить нужно.

Предпочтителен первый вариант. 

Нам представляется, что запятая нужна: Один и тот же смысл можно выразить простыми предложениями, или сложносочиненными, или сложноподчиненными, или бессоюзными предложениями. В приведенном Вами примере имеются однородные дополнения, ряд которых исчерпывает все возможные типы предложений. 

Вводное слово в начале предложения отделяется запятой. Корректно: Он искал ее всюду. В частности, в углу.

Контрагент подписывает оба экземпляра по отдельности, поэтому верно: один экземпляр... акта приема-передачи, подписанный с вашей стороны.

Мы рекомендуем перестроить фразу для того, чтобы она легче воспринималась, например: Прикладываем акт приема-передачи. Просим подписать один экземпляр и направить его по адресу... 

В лингвистических словарях это слово не зафиксировано, а в энциклопедиях употребляются формы ксар, ксары.