В современном русском литературном языке обобщающее слово и ряд однородных членов согласуются в падеже: при использовании следующих единиц: слов, предложений, фрагментов текста... Однако в документах официально-делового стиля, не допускающих двусмысленности в интерпретации, это требование, как правило, игнорируется.   

Ход рассуждения следующий.

Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:

Не все растения прижились.

Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.

То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.

Запятые расставлены правильно.  

В таком случае логично поставить в конце прямой речи точку.

Запятые в приведенном Вами предложении расставлены верно. 

Насколько нам удалось установить, речь идет о порте Пачи, который находится неподалеку от города Мегары. В таком случае корректен следующий вариант написания: порт Пачи (Мегара). Ср.: Афины (Греция), Афины (Алабама), Афины (Огайо) и т. п. 

Нужны, если это название автобуса. Ср.: автобус, следующий по  маршруту Анапа — Москва. 

Если убрать из конструкции соотносительное слово там, она примет разговорный характер. При оформлении таких конструкций допустима вариативность, если принять во внимание следующий фрагмент из раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: «6.  Запятая ставится внутри конструкций, эквивалентных сложноподчиненным предложениям с отсутствующим соотносительным словом: Кто записаны, получат билеты получше; У кого детей нет, редко дачу снимают; Кто приехал, у нас ночевать будут; Кто с ней занималась, у неё принимала экзамен. Однако при отсутствии интонационного отделения запятая не ставится: (...) Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает». 

Разделяем Ваши сомнения. Постановка парных тире создает в предложении сочетание Жил он у приятеля маленького и неторопливого человека (если изъять из предложения часть, выделенную парным тире, возникнет именно такое сочетание). Безусловно, необходимо другое пунктуационное оформление ряда поясняющих приложений: Жил он у приятеля — вузовца Обручева, маленького и неторопливого человека. 

В указанном месте нет оснований для постановки сразу двух знаков. Очевидно, автор, К. Г. Паустовский, использовал запятую и тире как единый знак, в целом довольно распространенный в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».