Учитель прав. Здравствуй(те) и извини(те) могут быть междометиями (см. ресурс «Проверка слова») и формами повелительного наклонения глаголов здравствовать и извинить (здравствуйте долгие годы, извините меня).

Строго говоря, при такой формулировке задания, которую приводите Вы, выписывать эти слова было не нужно, т. к. в словаре слова даются в своей начальной форме (для глаголов это форма инфинитива: здравствовать и извинить). Раз в словаре даны формы здравствуй и извините, следовательно это междометия. Но знание таких тонкостей вряд ли можно требовать от учеников 4-го класса.  

Запятая нужна: Тут какой-то второй приступ невыносимого ужаса сковал ее, и тогда она почувствовала цепенеющие, почти полностью обессиленные руки и стала горячо и самозабвенно молиться. Определения являются однородными, если за одиночным определением следует определение, выраженное причастным оборотом: малоизвестные, расположенные на отшибе курганы; древняя, почерневшая от времени деревянная статуэтка; небольшое, устланное коврами возвышение; чёрные, гладко причёсанные волосы; худое, изборождённое глубокими морщинами лицо; пустое, запорошенное снегом поле; ранняя, чуть заигравшая зорька; твёрдый, плохо выбритый подбородок (ср. при другом порядке слов: плохо выбритый твёрдый подбородок).

Да, это калька английского it depends, получившая распространение в русском языке с начала 1990-х годов. Аналогичное выражение широко распространено и во французском языке — ça dépend. В русском языке глагол зависеть требует обязательного распространения (зависеть от кого-чего), поэтому предпочтительно избегать этого выражения. В зависимости от ситуации общения, стиля речи, а также от того, о прошлом или будущем говорится в высказывании, в русском языке для выражения соответствующего значения используются сочетания когда как, по-разному, зависит от обстоятельств и т. п.

В словарях русского языка существительное корабль толкуется следующим образом: «крупное морское судно, а также военно-морское судно любого класса» (Словарь русского языка под ред. А. П.  Евгеньевой – МАС); «морское судно (первоначально парусное; сейчас преимущественно о военных судах, а также о многомачтовых парусных судах с прямыми парусами)» (Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой). Обратим внимание на формулировки: «а также военно-морское судно»; «преимущественно о военных судах». Но не «исключительно о военных судах». Это означает, что запрета на употребление слова корабль по отношению к гражданским судам нет. «Титаник», безусловно, можно назвать кораблем.

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...

Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.

Сказуемое здесь — остаются при своем мнении. Грамматически это составное именное сказуемое, в котором остаются — полузнаменательная связка, а именная часть выражена устойчивым словосочетанием при своем мнении. Действительно, оставаться при своем мнении считается фразеологизмом: так, в пособии "Словарь русской фразеологии. Историко-этимологический справочник" (авторы А. К. Бирих, В. М. Мокиенко, Л. И. Степанова; СПб., 1998) читаем:

«МНЕНИЕ. Оставаться при своем мнении. Не изменять своего мнения. Калька с лат. in sententia manere. Выражение восходит к словам <...> Цицерона».

Хромосома - хромосомный. По аналогии, рибосома - рибосомный.

Подобные случаи не описаны в справочной литературе. На наш взгляд, такое написание можно считать допустимым.

Такие конструкции (второй самый, третий самый...) возможны в разговорной речи.