Кавычки уместны, особенно если указываются версии программы, например: «1С:Бухгалтерия 8», конфигурация «1С:Бухгалтерия УСН 7.7» и т. д. Кавычки подскажут читателю, что вся эта последовательность цифр, букв и слов составляет одно название. Если просто употребляется обозначение 1C, то в принципе можно обойтись без кавычек: программа 1С. Но если название 1С используется в тексте наряду с более сложными обозначениями, то для единообразия корректно и его заключать в кавычки.
Все три запятые лишние, их надо убрать. Никакие знаки препинания в этих фрагментах текста не нужны.
Правильно: согласно ГОСТу. Но (с номером): согласно ГОСТ Р 7.0.12-2011
В третьем примере запятая перед куда не нужна.
Да, сочетание в свою очередь не выделяется запятыми, если оно употреблено в значении, близком к прямому, или в значении 'в ответ', 'со своей стороны'. Запятые ставятся, если сочетание в свою очередь используется в переносном смысле и уже не связывается с представлением об очередности действий сторон, а просто указывает на последовательность изложения мыслей.
Возможны варианты пунктуации – в зависимости от значения слова наконец. Если наконец употребляется в значении 'в конечном итоге', оно не обособляется. Если же оно выражает недовольство, нетерпение, досаду, запятые нужны. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Запятая не ставится.
В именах прилагательных, образованных от существительных, действительно, необходимо различать суффиксы -енн- и -ян-. Вот какая закономерность существует. Суффикс -енн- всегда безударный, располагается после слога с ударным гласным, и обычно перед этим суффиксом есть сочетание согласных, например: буква – буквенный, листва – лиственный, огонь – огненный, болезнь – болезненный, почва – почвенный, мысль – мысленный, лекарство – лекарственный. Суффикс -ян- чаще под ударением (полотно – полотняный, овес – овсяный) или в словах с ударным окончанием (т. е. перед слогом с ударным гласным): кровь – кровяной, лед – ледяной, земля – земляной, нефть – нефтяной, кость – костяной.
Конечно, это только закономерность, а не жесткое правило, встречаются отступления: соломенный, обеденный – перед суффиксом -енн- нет сочетания согласных; глиняный – суффикс -ян- после слога с ударным гласным, масляный, серебряный – суффикс -ян- после слога с ударным гласным и группы согласных (неслучайно в этих словах так часто делают ошибки, их написание надо запомнить). Но в целом эта закономерность в русском языке выдерживается.
Деепричастный оборот использован некорректно. Возможный вариант: Разработка технологии прямого превращения в химикаты, исключающего стадию производства промежуточных продуктов.
Все правки (кроме примера 4) спорные. В примере 1 запятую зачеркивать не стоило: обороты с предлогом помимо в знач. 'кроме' могут обособляться и, как показывает практика письма, чаще обособляются. Во втором примере возможны и тире, и запятая; окончательное решение принимает автор текста. В примерах 3 и 5 постановка запятых зависит от смысловых оттенков, от интонации, однозначного ответа здесь быть не может. В примере 4 запятая после не на кого обязательна: здесь кончается придаточное предложение.
