Грибные заболевания -- термин с определенным значением. Если специалисты в области садоводства утверждают, что употребление этого термина в тексте оправданно, следует употреблять именно этот термин.

Допустимо написание Великая теорема Ферма и Малая теорема Ферма с прописной буквы, поскольку это собственные названия теорем, хотя в специальной литературе малая теорема Ферма чаще всего пишется со строчной буквы. Остальные понятия следует писать со строчной буквы: метод факторизации Ферма, спираль Ферма, точка Ферма, числа Ферма.

Термин гуманитаристика употребляется в научных, прежде всего философских, текстах, примерно с 1980-х годов. Термин имеет обобщающее значение, в частности, он может подразумевать совокупность теоретических работ, посвященных человеку и его социокультурной практике, а также методы и процедуры постижения гуманитарного знания.

Предполагаем, что специалисты по ономастике уже нашли термин, обозначающий практику использования коммерческих названий, похожих на брендовые наименования. Поскольку нам этот термин пока не известен, то допускаем возможность употребления неологизмов, способных выразить идею ложного дублирования коммерческих имен; ср.: коммерческая квазиноминация, квазинаименования, квазиназвания.

К сожалению, не можем проконсультировать Вас по юридическим вопросам.

В данном сочетании слово памятник используется в значении "сохранившийся предмет прошлого". Действительно, есть определенное противоречие в употреблении данного слова в сочетании памятник природы, поскольку указанное значение, как правило, характеризует предметы культурного наследия человека (памятники старины,  памятники письменности, архитектуры и т. д.). Тем не менее сочетание памятник природы используется в качестве термина, в этом смысле его употребление корректно.

К настоящему времени этот оборот получил широкое распространение, поэтому писать его следует без кавычек.

Возможная форма им. п. мн. ч. - фоны.