Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

Дело в том, что обучение чтению и изучение алфавита - это несколько разные задачи. Для раннего обучения чтению дошкольников целесообразно произносить названия букв как звуки (произносить так, как буквы звучат в слове). В начальной школе можно уже выучить и "нормальные" названия букв.

Вы правы. Это слово употребляют говорящие по-русски, оно действительно есть в словарях русского языка, оно стало фактом русского языка. Можно сформулировать так: прет-а-порте  — это заимствованное из французского языка слово, входящее в состав современного русского литературного языка.

При фонетической транскрипции в школе "йот" можно обозначить буквой русского алфавита Й или буквой латинского алфавита J. Подробно о фонетической транскрипции в школе читайте в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Определенного, причем раз и навсегда установленного правила на этот счет быть не может. Нужно иметь в виду, что одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому, в частности, часто выделяются кавычками слова, употребленные в условном, ироническом, образном, необычном и т. п. значении. Однако по мере того как подобные выражения становятся обиходными (широко употребительными) в кавычки они заключаются всё реже. Например, стали писать без кавычек: часы пик; голосовать за и против; работать на отлично; живая газета и др.

Поэтому и сочетание чёрная смерть как условное название чумы можно заключать в кавычки, однако необходимости в таком выделении нет. 

Орфографически верно: трек, трекинг, трекинговый. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Написание с одной буквой к соответствует нормам русского письма (см. подробное объяснение в ответе на вопрос № 262066).

У этих букв разные функции в русском письме. Буква Й обозначает согласный звук [j]. Буква Ь не обозначает звука, а лишь указывает на мягкость предшествующего согласного. Поэтому просто убрать одну из этих букв и заменить ее во всех функциях другой невозможно.

Формально это родительный падеж.