Правило об отсутствии запятой между сочинительным и подчинительным союзом при наличии в главном предложении второй части подчинительного союза – лишь частный случай более общего правила: запятая между союзами не ставится, если придаточное предложение невозможно изъять или переставить в другое место. Если в главном предложении есть вторая часть подчинительного союза, то изъятие или перестановка придаточного невозможна. 

Попробуем переместить придаточную часть в Вашем предложении: И разговаривали с ним, а он отвечал, если хотел, или молчал, а он говорил с ними, как с равными себе, [когда пришли старейшие племени]. Такая перестановка невозможна, поэтому запятая между союзами а и когда не нужна.

Правила Вы можете посмотреть в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина.

В приведенных Вами предложениях знаки нужно расставить следующим образом. 

1. И хотя было уже поздно, я решил остаться. И когда взошло солнце, никто уже не спал. В начале предложения между союзом и и подчинительным союзом запятая не ставится. 

2. Они побежали и, если бы не свет от фонаря, точно растянулись бы на земле. Перед и запятая не нужна, так как союз соединяет однородные сказуемые; после и запятая нужна, так как придаточную часть можно переставить в другую часть предложения, что связано с отсутствием второй части союза если... то.

Сочетания предстанет возможность, предстала возможность не только имеют право на существование, но и существуют: в публицистических и художественных произведениях двух минувших веков и в настоящее время встречаются предложения, в которых сказуемое и подлежащее выражены именно этими словами. Стоит только заметить, что чаще употребляется глагол в форме прошедшего времени предстала, что, по-видимому, объясняется уже внешними причинами, имеющими отношение к характеру связи понятия «возможность» с категориями прошлого и будущего. Словарные описания глагола предстать можно анализировать и сравнивать, используя материалы специального раздела на нашем портале. В толкованиях не обнаруживаются такие смысловые признаки, какие препятствовали бы употреблению обсуждаемых сочетаний.

Это предложение представляет собой результат отрицательной модификации утвердительного предложения С языком человек есть (существует). В нем подлежащее человек (И. п.). В отрицательной модификации предложения с такими глаголами (бытийными, т. е. сообщающими о бытии, существовании кого-л. или чего-л.) превращаются в безличные, а подлежащее принимает форму Р. п. и, таким образом, перестает отвечать определению подлежащего. Можно говорить, что это «разжалованное» подлежащее. С точки зрения формальной школьной грамматики от грамматической основы в этом случае остается только (не) было бы. С точки зрения не столь формальной грамматики в отрицательной модификации предложения каноническое подлежащее становится неканоническим, но все-таки подлежащим.

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Корень этого слова имеет чередующиеся гласные и (читать) и е (прочесть), которые чередуются еще и с нулем звука (чтец, чтиво). В общеславянском языке звук и в этом корне чередовался со сверхкратким гласным звуком. В древнерусском языке этот гласный перестал произноситься в безударной позиции. Так возникло чередование с нулем звука. 

Запятая перед тире нужна, чтобы закрыть придаточную часть, которая начинается с союза чтобы. Впрочем, уместнее было бы поставить в этом месте точку и начать новое предложение: Очевидная уникальность формы и ее выразительность подтолкнули меня к тому, чтобы и прочие вкусы изобразить в той же стилистике. Я остановился на этой концепции, перестал искать дальше.

Можно объяснить тем, что это словарное слово :) А можно историей слова. Движимый – это форма древнего глагола движить. От глагола на -ить образовалась форма с суффиксом -им-. Но глагол движить перестал употребляться, и слово движимый стало соотноситься с глаголом двигать, от которого образуется причастие и прилагательное с суффиксом -ем- – двигаемый. Так слово движимый оказалось исключением. 

Согласно «Морфемно-орфографическому словарю» А. Н. Тихонова в слове пренебрегать в современном русском языке приставка пре- не выделяется, слово состоит из корня пренебрег-  и суффиксов -а- и -ть. Таким образом, две первые гласные е попадают в категорию непроверяемых. Однако история слова показывает нам, почему в нем пишутся гласные е.

Слово пренебрегать исторически образовано из приставок пре- и не-, а также корня -бере- (беречь, бережливый). В современном русском языке смысловая связь слова пренебрегать со словами беречь, бережливый оказалась утраченой. Слово оторвалось от своих корней и зажило собственной жизнью, оно перестало восприниматься носителями русского языка как однокоренное со словами, которые содержат корень -бере-. Поэтому произошло и переосмысление его структуры. Однако орфография сохраняет для нас связь с прошлым этого слова.

1. После того как слово входит в широкое употребление, оно перестает быть неологизмом. Подтвердить, что слово биометрия в указанном значении широко распространено, поможет Национальный корпус русского языка: по состоянию на 23.09.2024 в нём более 800 употреблений этого слова в XXI веке, среди них немало контекстов, где слово использовано в значении 'информация о физиологических и биологических параметрах человека, позволяющая установить его личность'. Следовательно, можно считать это слово освоенным.

2. Имя собственное может быть сказуемым, как в вашем примере. Сказуемое может не содержать оценку — например, когда оно выражено числительным: Семью пять — тридцать пять; Скорость антилопы — 50 км/ч.
Подробнее об этом вы можете прочитать в § 2325 «Русской грамматики» (1980 г.).