В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Р. п. - Дуня, д. п. - Дуню, в. п. - Дуня, т. п. - Дунем, п. п. - о Дуне.

1. Запятые не нужны. 2. Ни дефисы, ни тире не требуются.

В этом случае правильна будет частица не: ...кого только не было в кругу друзей Гиляровского. См. пункт 2а параграфа 78 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Мужская фамилия Конь склоняется, женская – нет. Носитель фамилии вправе сам решить, где ставится ударение в косвенных падежах – Коня или Коня, Конем или Конём. Но обычно у фамилий, совпадающих с нарицательными существительными, ударение сохраняется на основе, не переходит на окончание.

КОНСКИЙ, -ая, -ое.
1.
к Конь (1 зн.). К. волос. К. топот. К-ая сбруя.
2.
Как составная часть некоторых ботанических названий. К-ие бобы. К. щавель. К. каштан.

ЛОШАДИНЫЙ, -ая, -ое.
1.
к Лошадь (1 зн.). Л-ое ржанье. Л-ые копыта.
2.
Такой, как у лошади; напоминающий чем-л. лошадь. Л-ое лицо. Л. подбородок.
3. Разг.
Выходящий за пределы нормы; очень сильный, крепкий, большой и т.п. Л-ое здоровье
(хорошее). Л-ая доза
(очень большая). Л-ая голова
(очень большая).

 ◊ Лошадиная сила.
Внесистемная единица измерения мощности, равная 75 килограммам на 1 метр в секунду.

Пришлите нам, пожалуйста, ссылку на страницу, на которой опубликовано предложение «Давайте возьмём зефир и пожарим его прямо на огне?» — предложила моя младшая сестра, главная сладкоежка семьи.

В предложении Маргарита не могла бы сказать, из чего сделан повод его коня, и думала, что возможно, что это лунные цепочки(,) и самый конь – только глыба мрака, и грива этого коня – туча, а шпоры всадника – белые пятна звезд запятая в скобках нужна, так как она должна быть поставлена перед всеми членами ряда однородных предложений, соединенных повторяющимся союзом. 

Читайте ответ в рубрике "Словарь трудностей".

Согласно «Словарю собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, ударение при склонении этой фамилии остается на корне: Борис Черток – Бориса Чертока.