При помощи сопоставления падежных форм мы определяем вовсе не одушевленность предмета, а одушевленность слова. Деление существительных на одушевленные и неодушевленные — это характеристика не окружающего мира, а особенностей грамматического поведения слов. Одушевленные и неодушевленные существительные склоняются по-разному (имеют разные формы винительного падежа), именно это мы и определяем. На основании этого грамматического деления нельзя судить о том, принадлежит ли какой-то объект сфере живого или неживого с точки зрения биологии, поскольку разграничение этих сфер отражается в грамматике неточно и в разные периоды развития языка по-разному.

В этом предложении одна главная часть (первая) и две придаточных. При наличии двух придаточных возможно или однородное подчинение, или неоднородное соподчинение, или последовательное подчинение. Это означает, что, если придаточных только два, совмещение однородного подчинения с последовательным исключено.

Безусловно, в предложении налицо однородное подчинение, которое подчеркивается наличием соединительного сочинительного союза между придаточными. Наличие сравнительного оборота в последней придаточной части к типу подчинения придаточных никакого отношения не имеет, поскольку это именно сравнительный оборот (обособленное обстоятельство образа действия внутри второй придаточной части), а не сравнительное придаточное.

Поскольку в предложении всё же есть определяемое существительное лестница, прилагательное единственной и причастный оборот сохранившейся со времени постройки собора не теряют функцию определений. Однако запятая между ними не требуется, так как определение единственной относится не непосредственно к существительному лестницы, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию сохранившейся со времени постройки собора [лестницы]. Случай в целом аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Так можно писать и говорить. Сочетание чистая душа зафиксировано в словарях русского языка, оборот с чистой душой употребляли М. А. Булгаков, Ф. В. Гладков, Л. М. Леонов, В. Г. Распутин, Б. Л. Васильев и другие писатели. Например: Тяжелая, недобрая ночь ― в такую ночь маются и с чистой душой, а у нее, у Настены, истерзанная, беспутная душа надорвалась и только ноет, ноет, жалуясь и плача без капли надежды. В. Распутин, Живи и помни. Они за работу-то с молитвой принимались, с чистой душой. Ф. Гладков, Повесть о детстве.

По-видимому, имеется в виду Лепорелло. Это слуга Дон Жуана, ставший образом угодливого слуги, персонаж нескольких произведений, героем которых является Дон Жуан: оперы Моцарта «Дон Жуан, или Наказанный развратник» на либретто Л. да Понте, «маленькой трагедии» А. С. Пушкина «Каменный гость», драматической поэмы А. К. Толстого «Дон Жуан», одноактной пьесы в стихах Н. С. Гумилева «Дон Жуан в Египте» и др. У Мольера есть комедия «Дон Жуан, или Каменный гость», но в ней в образе слуги Дон Жуана представлен Сганарель – центральный персонаж многих комедий Мольера.

Обороты с производными (непервообразными) предлогами могут обособляться или не обособляться в зависимости от некоторых условий. В приведенном предложении оборот с производным предлогом в целях рекомендуется обособить, чтобы указать его границы, сравним: В целях обеспечения запуска проекта по внедрению ученических договоров для учёта потенциальных соискателей, выделить отдельное юридическое лицо (сочетание для учета потенциальных соискателей является несогласованным определением к существительному договоров); В целях обеспечения запуска проекта по внедрению ученических договоров, для учёта потенциальных соискателей выделить отдельное юридическое лицо (сочетание для учета потенциальных соискателей является обстоятельством к инфинитиву выделить).

В этом предложении у оборота с союзом как не улавливается ни значения причины, ни сравнительного значения (в этих случаях оборот следовало бы обособить). Возможно, в более широком контексте сочетание как регион обозначает аспект существования тех, кто назван местоимением мы, и, соответственно, имеет значение в качестве региона. Например: Мы как регион можем быть в числе первых, а как город — не можем. Впрочем, возможно, здесь неуместно употреблен союз как, а конструкция предполагается как пояснительная; в этом случае предложение нуждается в редактировании: Мы, регион, можем быть в числе первых. 

В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.

Постановка знаков препинания в предложении корректна. Ср. примечание к параграфу 42.3 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:

Сравнительный оборот союзом как, находящийся в середине предложения, отделяется запятой, если нужно показать, к какой части предложения он относится: Я почувствовал на моих волосах прикосновение слабой, как лист дрожавшей руки (Т.) — не «слабой, как лист», а «дрожавшей, как лист»; Я мчался на лихом коне, как ветер волен и один — не «мчался, как ветер», а «волен и один, как ветер»...

Предложение корректно. Оборот к услугам кого-либо устойчиво употребляется как выражение, говорящее не только о чьей-либо готовности быть полезным кому-либо, но и о готовности чего-либо. Ср.: Дом мой к вашим услугам. На Дворцовой набережной, дом Баташева у Прачечного моста (А. С. Пушкин); На газонных площадках были приготовлены к услугам гостей различные игры: в серсо, волан, бильбоке (М. Волконский. Сирена. 1903); Я от графа Шувалова, его сиятельство просит вас немедленно прибыть в Миллионную по чрезвычайно важному делу. Экипаж к вашим услугам, ждет внизу (Л. Юзефович); «Всё судно к вашим услугам», — вежливо ответил Карпов (В. Аксенов).