В словарях сочетание в том числе представлено лишь как присоединительный союз, который имеет значение «включая что-либо, кого-либо» и употребляется в предложениях типа Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении это сочетание имеет другое значение — «не только, но и». В таком значении сочетание в том числе сегодня активно употребляется в текстах публицистического и официально-делового стилей, и едва ли его можно назвать ошибочным, несмотря на отсутствие в словарях. 

В приведенном предложении обособление сочетания в том числе не требуется. См. также ответ на вопрос 311098.

Верно раздельное написание причастия, так как от него зависит придаточная часть: Мальчики, не знающие, куда исчез Кай...

Ваше предположение верно. Запятая в указанной позиции нужна, чтобы закрыть придаточную часть внутри главной.

Слово безоплатный встречалось уже в текстах XVIII века, и считать его ошибкой нельзя. При его создании использована традиционная для русского языка словообразовательная модель.

Ваш вопрос правовой, его следует адресовать юристам. 

Если, по мнению автора (редактора), без кавычек непонятно, что говорящий повторяет речь собеседника, кавычки можно поставить, в других случаях они не требуются. Сравним оформление подобных повторов в разных произведениях (примеры из книги Б. Ю. Нормана «Лингвистическая прагматика»): 

— А какая была коза! Ну, голубь, а не коза. Голубь! 
— Голубь! — отодвигаясь от бабки, огрызнулась Нюрка. — Как почнет шнырять рогами, так не знаешь, куда и деваться (А. Гайдар. Тимур и его команда).

— Чо это вас так шибко в город-то тянет? 
— Учиться… «Что тянет». А хирургом можно потом и в деревне работать (В. Шукшин. Космос, нервная система и шмат сала).

В приведенном Вами примере тот факт, что говорящий повторяет слова собеседника, очевиден и без кавычек: 
— Всё не так однозначно, Мэгги.
— Не так однозначно? НЕ ТАК ОДНОЗНАЧНО?!

Ваш вариант постановки знаков препинания в этом предложении абсолютно корректен. 

Слово редактируемость возможно, однако отнести его к известным и часто используемым нельзя, что и объясняет его отсутствие в словарях.

За что — это союзное слово (с предлогом). В данном случае оно служит средством связи частей сложноподчиненного предложения особого типа. Вот что говорится о них в справочнике Е. И. Литневской: «В русском языке представлен еще один тип придаточных предложений, не нашедший отражения ни в одном из учебных комплексов. Это придаточные присоединительные. Их особенность заключается в том, что они не эквивалентны ни одному из членов предложения, к ним не может быть поставлен вопрос от главной части, что является причиной их выделения в отдельную группу».

Местоимение что, в том числе с предлогом за, в разных контекстах может быть вопросительным (За что его наказали?) или относительным, то есть союзным словом (Я не понял, за что его наказали — придаточное изъяснительное).

Между двумя (и более) именами собственными, совокупностью которых называется какое-либо учение, явление и т. п., ставится тире, например: закон Бойля — Мариотта, методика Дембо — Рубинштейн. Это тире в функции соединения. Его следует отличать от дефиса, соединяющего части двойной фамилии: картины Петрова-Водкина.