Такое употребление не является точным. Практически значит "по существу, по сути дела". Конечно, сегодня это слово обрастает этим "приблизительным", "примерным" значением - "почти".

Вы совершенно точно выделили и охарактеризовали одну из проблемных областей в действующих правилах пунктуации. Действительно, правило вроде бы обязывает не ставить тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит любое наречие или, в соответствии с некоторыми справочниками, обстоятельство. Такую строгую, не допускающую отступлений формулировку можно встретить во многих учебных пособиях по пунктуации, а также в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006).

Однако Д. Э. Розенталь, видимо, понимал, что это правило не должно быть жестким, правилом-предписанием, что возможны отступления от него. Т. е. это правило фиксирует лишь тенденцию. Поэтому в наиболее полном своде Дитмар Эльяшевич пишет о предложениях с наречиями как о тех случаях, когда тире обычно не ставится. И Ваши наблюдения это подтверждают.

Классический пример в правиле о непостановке тире перед наречиями – предложения с временнЫм наречием: Сергеев теперь известный художник; Москва теперь порт пяти морей; Кино по-прежнему самый массовый вид искусства. Такие наречия являются не определениями к сказуемому-существительному, а обстоятельствами, которые примыкают к опущенной связке (*Сергеев есть (когда?) теперь известный художник). Вы же выделяете другой тип наречий – со значением меры и степени, которые синтаксически связаны с определением при существительном (Прибыль – более гибкий показатель. Гибкий (в какой мере?) более.) Подобных примеров в справочниках нет. 

А. Б. Шапиро считал, что несогласованный второстепенный член, относящийся к сказуемому-подлежащему своим местоположением указывает на границу между составом подлежащего и составом сказуемого. Именно поэтому перед такой распространенной группой сказуемого тире не нужно. Это рассуждение логично. Оно представляет собой попытку определить функцию тире в подобных предложениях. Но кажется, что этот принцип не работает. Тире в приведенных Вами предложениях с наречиями меры и степени более частотно, чем его отсутствие. По-видимому, необходимо более глубоко исследовать эту область письма и уточнить правила.

До этого считать ошибкой постановку тире перед наречием меры и степени вряд ли правильно и следует принимать оба написания.

Это действующее правило. По сути то, что в справочнике названо "словами автора", является в этом примере самостоятельным предложением, никак не связанным с прямой речью.

Исследование и опрос - разные по сути вещи. Опрос - сбор первичной информации (возможно, в рамках исследования). Возможно: опрос в целях выяснения жизнеспособности организации.

Это два разных слова, но с близкими значениями. По сути представляют собой перевод терминов из английского языка. Вседорожник - англ. all-road vehicle. Внедорожник - англ. off-road vehicle.

Они находятся в Учебнике, в разделе "Интерактивные упражнения", надо выбрать "Комплексные упражнения" - по сути это диктанты https://gramota.ru/uchebnik/uprazhneniya?cat=3&level=

Словосочетание кавказская национальность, лицо кавказской национальности по сути своей неправильно, поскольку такой национальности действительно не существует. Это выражение активно употребляется как канцелярский штамп, но грамотный редактор, конечно, должен его вычеркивать.

Ни один из вариантов не стоит использовать. Типичные сочетания, сообщающие о сути намерения, содержат глагол в неопределенной форме, но не существительное; например: намерение приехать, намерение выполнить, намерение купить и т. п. 

Выноска (шрифтовое и абзацное выделение текста) по сути дублирует функцию кавычек, поэтому кавычки ставить не требуется. А вот знак конца предложения нужен, им может быть точка или иной знак.

Лишнее слово - без кавычек.