В случаях, когда член предложения выражен существительным с предлогом, возможны разные варианты решения Вашего вопроса: можно считать сочетание сквозь растительность и обстоятельством, и дополнением.

Обращение не является членом предложения. Следовательно, когда мы видим изолированное обращение, перед нами нет предложения. В том числе и «предложения с обращением».

Это такой способ образования слова, когда производное слово не отличается от производящего (производящих) по набору и количеству морфем, ср.: гостиная (прил.) - гостиная (сущ.).

Думаем, что при подготовке документов в этом случае следует руководствоваться инструкцией по делопроизводству. Это далеко не единственный случай, когда нормы официальной документации противоречат рекомендациям лингвистов.

Все названные Вами слова и сочетания пишутся строчными буквами, кроме тех случаев, когда большая буква обозначает "условное" значение термина, например: ...председатель правления, далее - Председатель...

Сказаться — отразиться на ком-, чем-л., повлиять на кого-, что-л. Так, возможно и, например, сочетание (что-то) хорошо сказалось (на чем-то).

Поэтому сочетание отрицательно сказаться полностью корректно.

Возможны оба варианта, но они различаются по значению. На квартире говорят, когда имеют в виду съемное или временное жилье, например: Жил у тетки на квартире.

Корректно: Об уточнении состава рабочих групп и фракций.

Форма единственного числа существительных нередко используется в значении множественного: например, в случаях, когда существительное имеет обобщающее значение. 

В разговорной речи допустим второй вариант. В тех случаях, когда должны соблюдаться нормы книжных стилей, перед названием нужно добавить родовое слово: на портале  «Грамота.ру».

В тех случаях, когда четко указывается женский пол детеныша (как здесь - с помощью имени Настя), следует ставить определения в форму женского рода: дрессированная, обученная.