Правильно: берш (через е, не ё). См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012; Биологический энциклопедический словарь. М., 1989. (В обоих изданиях буква ё в заголовочных словах в случае ее наличия пишется.)

Поскольку названия кораблей — условные наименования, наподобие названий литературных, музыкальных и т. д. произведений, в них  используются кавычки всегда, независимо от наличия или отсутствия родового слова: «Ниагара» и «Доблестный» отправились в путь (сравним: «Утро в сосновом лесу» было написано в 1889 году).

В тех случаях, когда в качестве приложения выступает собственное имя лица, возможна двоякая пунктуация, в зависимости от наличия или отсутствия пояснительного оттенка значения и соответствующей интонации при чтении. В приведенном Вами примере выделение приложения запятыми не требуется: на период отсутствия управляющего директора Иванова Ивана Ивановича в связи с очередным отпуском...

Нейтральный порядок слов именно таков: хлорид калия, глюконат кальция и т. п. В конструкциях, подобных приведенным Вами, он тем более удобен, что при двух родительных падежах подряд (использование хлорида калиция) на первом месте стоит главное слово сочетания. Думается, что иной порядок (кальция хлорид, кальция глюконат, кальция фторид и т. п.) удобен лишь в номенклатурах. 

Да, неприятная ситуация... А нет возможности воспользоваться другой компьютерной программой, которая не расставляет автоматически падежи? Учителям можно предъявить печатное издание – например, «Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской (хочется надеяться, что учителям русского языка знакома эта фамилия), на последних страницах которого (в изданиях 2004, 2006 г. и др.) приведены правила склонения имен, отчеств и фамилий.

Вы предполагаете верно. Считается, что союзная подчинительная связь внутри простого предложения — аномалия. Поэтому наличия подчинительного союза потому что достаточно для того, чтобы предложение было признано сложноподчиненным. И конечно, никаких однородных сказуемых.

Подчинительные союзы в простом предложении могут вводить обособленные члены: Доброе, хотя и строгое, лицо матери склонилось надо мною. Но такие конструкции считаются особенными и сравнительно редкими. Более того, в последних исследованиях, посвященных русским союзам, доказывается, что хотя больше похож на сочинительный союз, чем на подчинительный.

Верно: на южном ходу железной дороги.

В профессиональном языке железнодорожников и в текстах СМИ соответствующей тематики действительно используется термин ход, который обозначает определенные направления, маршруты или линии в железнодорожной сети, например южный ход Транссибирской магистрали. В предложном падеже в профессиональной среде принято использовать форму на южном ходу.

В обоих случаях только — частица, и в обоих случаях она находится между подлежащим и сказуемым. В первом предложении тире между подлежащим и сказуемым-существительным не ставится именно из-за наличия частицы (см. пункт 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Март только начало весны. Во втором предложении подлежащее и сказуемое выражены инфинитивом, а в таких случаях ставится тире, частица его не отменяет (см. параграф 12 того же справочника): О решённом говорить — только путать.