Запятая нужна только в том случае, если причастный оборот имеет добавочное причинное значение (т. е. смысл такой: программа совмещает... потому что она была разработана группой ведущих лингвистов и педагогов). Если такого значения нет, запятая не нужна.

Слово членится на морфемы следующим образом: еже/год/н/ый. Часть еже- в словарях называется первой частью сложных слов. В истории языка она образовалась в результате сращения формы ср. рода относительного местоимения je и частицы же.  

Предлагаемая замена звучит, конечно, не идеально, но она вполне допустима, особенно если изменить порядок слов: ставший тотчас подвигаться навстречу. Именно так, как Вы предлагаете, замена и осуществляется: глагол в спрягаемой форме заменяется причастием, инфинитив остается неизменным.

Если обстоятельство почти двенадцать лет относится к сказуемому главной части не видел, запятая перед почти нужна (она закрывает придаточную часть что ему было так дорого), если к сказуемому придаточной части было дорого — запятая не нужна.

В названиях литературных произведений, состоящих из двух наименований, перед союзом или ставится запятая (причем второе название тоже пишется с прописной буквы): «Похождения Чичикова, или Мёртвые души» (Н. В. Гоголь); «Воевода, или Сон на Волге» (А. Н. Островский);

Запятая нужна: она ставится между частями сложного предложения. Обратите внимание, что местоимение ему указывает на ближайшее существительное мужского рода. В данном предложении это существительные конфликт и руководитель (а не служащий), в результате нарушается логика. Предложение следует перестроить.

В книжно-письменных стилях верно: Сам автор назвал книгу виртуальным музеем.  Можно использовать форму женского рода, если она является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Сама автор назвала книгу виртуальным музеем.

Слитное написание неясно корректно. Запятая поставлена правильно (только она не выделяет слово неясно, а разделяет части сложного предложения). Обратите внимание на грамматическую ошибку: вместо согласно какого НТД должно быть согласно какому НТД (предлог согласно управляет дательным падежом).

Все верно. Запятая между союзом а и вводным сочетанием чаще не ставится, и в Вашем предложении она тоже не нужна. Подробнее об обособлении вводных слов, стоящих после союза, можно прочитать в «Справочнике по пунктуации» (см. раздел 3).