1, 2. Правильно без запятых. 3. Запятая факультативна.

В речевой практике сохраняет силу общая рекомендация «правильного» выбора слов: в соответствии с авторским замыслом, с учетом стилистических особенностей текста. В разговорной речи две фразы с глаголом направьте — на адрес электронной почты и по адресу электронной почты — сообщают об одном и том же действии и едва ли различаются какими-либо смысловыми признаками. В официально-деловой речи склонять пишущего к выбору одного из вариантов могут тематические и содержательные свойства текста, а также стандарты оформления, принятые в профессиональной среде. Дублирующее использование указания е-mail (написание Е-mail обычно в начале предложения) не представляется необходимым.

Спорить по поводу орфографической нормы бессмысленно — ее нужно просто знать. Современные нормативные словари, в том числе и Орфографический словарь русского языка как государственного языка Российской Федерации, фиксируют только написание оперативно-разыскной. В тексте диссертации следует соблюдать орфографические нормы, однако вполне уместно будет примечание типа «в оригинале документа используется иное написание: закон „Об оперативно-розыскной деятельности“».

Корректно: Площадь трубы круглого сечения должна соответствовать тем же значениям, что и прямоугольного.

Вы привели в качестве примеров сложные предложения. Если речь идет о таких случаях, то пунктуация зависит не от повтора слов, а исключительно от строя предложений, отношений между их частями, а также от интонации.

На согласование счетного оборота со значением определенного количества со сказуемым влияет множество различных факторов. В приведенных контекстах возможно согласование и в ед., и во мн. числе. Ср. примеры из справочников: В университете учится 28 тысяч студентов и Сто наших студентов отправятся в этом году на стажировку за рубеж. Особенности согласования с подлежащим – дробным числительными в справочниках не описаны, поэтому можно руководствоваться такими общими рекомендациями. Форма ед. числа подчеркивает общее количество лиц, совокупность предметов, указывает, что они испытывают какое-то воздействие, состояние; ед. число сказуемого акцентирует внимание на количестве предметов или лиц, о которых идет речь. При форме мн. числа выделяются считаемые лица и предметы как производители действия, подчеркивается отдельность предметов или лиц, указанных в подлежащем, раздельность совершения ими действия.

В предложении В 2016 г. при вузах функционировало 2 354 малых предприятия, соданнЫХ/ЫЕ в форме хозяйственных обществ и партнерств возможны обе формы причастия. В справочниках указано, что определение (обычно обособленное), стоящее после счетного оборота с числительным 2, 3, 4 или оканчивающимся на 2, 3, 4, чаще ставится в форме им. падежа мн. числа, однако форма род. падежа не запрещается. 

Правильно: в двух возрастных категориях (18 лет — 24 года, 25–35 лет).

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.