Оба сочетания — коллеги по школе и коллеги из школы — могут использоваться в речи. Выбор варианта зависит от контекста и авторского замысла. Сочетания с предлогом по (коллеги по работе, по сцене, по цеху, по заводу, по станции) подчеркивают принадлежность одной профессиональной среде, организации, учреждению, предприятию. Вариант с предлогом из может использоваться тогда, когда речь идет о месте работы. Слова работа и сцена не могут быть употреблены в таком выражении, а слова школа и бригада используются в качестве обозначений места (в школе, в бригаде), поэтому нередко встречаются в сочетаниях со словом коллеги. Для сравнения вспомним о таких распространенных оборотах, как коллеги из другого города, из соседней области, из столицы, из разных стран.

Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

Кавычки в данном случае излишни, однако текстовые примеры принято выделять курсивом или полужирным шрифтом.

Для ответа на этот вопрос необходимо видеть предложение целиком. 

В этой разговорной конструкции уместно поставить тире (см. ответ на вопрос 301804) либо, как вариант, запятую. О характере сочетания я сказал в подобных контекстах см. ответ на вопрос 312745.

Если в пунктах перечня содержатся слова или сочетания, перечень следует оформлять иначе: пункты обозначаются цифрами со скобками, первое слово в них пишется с маленькой буквы, в конце пунктов ставится точка с запятой. Слова в пунктах следует согласовывать:
...следующих дисциплин:
1) математики;
2) истории;
3) химии.

Это тире при синтаксической конструкции, называемой именительным темы. 

Употребление предлогов в указанных позициях делает предложения более ясными: ...входить в некоторые наследственные синдромы, к примеру в Hartsfield-синдром — сочетание голопрозэнцефалии с эктродактилией. Более чем в 50 % случаев голопрозэнцефалия сочетается с патологическим кариотипом, чаще всего — с трисомией 13 и 18.