Составные сказуемые не являются словосочетаниями по той простой причине, что в них невозможно определить, какой компонент является главным и какой — зависимым. П. А. Лекант, автор известной книги «Типы и формы сказуемого в русском языке», писал, что связь в составных сказуемых двунаправленная: в формальном отношении господствует вспомогательный компонент, а в смысловом — присвязочный компонент.

Возможен и тот, и другой вариант. Существительные одушевленные при обретении значения, не отнесенного к живому существу, могут сохранять исходные падежные формы, что предопределяет выбор варианта как виртуального помощника. В то же время представление о том, что речь идет о созданном людьми программном продукте, в силах склонить говорящего к той падежной форме, какая характеризует употребление неодушевленных существительных: как виртуальный помощник.

В тематической литературе аббревиатура ЦУТР (ЦУТР барона Штиглица) употребляется преимущественно в несклоняемой форме. Вместе с тем встречаются и варианты в ЦУТРе, ЦУТРа. Родовую отнесенность аббревиатуры показывают редкие сочетания типа бывшее ЦУТР. Что касается приведенного ряда аббревиатурных обозначений, то при выборе формы следует учесть стилистическую характеристику текста,  грамматические особенности предложения, в том числе возможность / предпочтительность формальной однотипности компонентов.

В некоторых словарях контузить описывается как двувидовой глагол — то есть он может употребляться и как глагол совершенного вида, и как глагол несовершенного вида. Формы этого глагола пишутся по тому же правилу, что и отглагольные прилагательные и причастия от глаголов несовершенного вида: контуженый боец и контуженный в голову боец (ср.: крашеные скамейки и крашенные зеленой краской скамейки).

Правило не категорично, оно гласит, что при существительных женского рода, зависящих от числительного два, определение чаще ставится в форме именительного падежа (или совпадающего с ним винительного при неодушевленных существительных) множественного числа. Сочетания с родительным падежом редко, но встречаются, ошибкой использование такой формы не будет. Но предпочтителен все-таки вариант В коробке было 6 красных ручек и 2 синие.

Такая модель образования новых слов сегодня очень продуктивна, и ошибки здесь нет. Однако традиционны сочетания с примыканием и управлением: литература по эсперанто, движение эсперанто и т. д.

Запятая ставится, поскольку это обычное сложноподчиненное предложение. Правило, которое Вы упомянули, здесь не действует, в нем идет речь о предложениях вроде Есть куда пойти, Не нашла что сказать и т. п.

Вы правы. В конструкциях с составными числительными, оканчивающимися на два, три, четыре, винительный падеж сохраняет форму именительного независимо от категории одушевленности.

Спасибо за доверие! В трудных случаях всегда можно обратиться к нам за консультацией.