Обстоятельственный оборот с производным (непервообразным) предлогом в соответствии с, как и другие подобные обстоятельственные обороты, может обособляться в некоторых случаях, например для обозначения его границ. В приведенном предложении обособление уместно для удобства восприятия: нужно отделить обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии с от обстоятельственного оборота с предлогом (тоже производным) в целях. Заметим, что знак препинания между этим последним оборотом и сказуемым приказываю не требуется: В соответствии с Федеральным законом «О музейном фонде», в целях всестороннего исследования поступивших предметов и определения их исторической значимости приказываю возложить обязанность по учету предметов на культурный центр.

Является ли название вещества поясняющим приложением, зависит от контекста. Если речь идет о том, что на заводе предусмотрен синтез вспомогательных веществ, входящих в препарат, то есть противопоставлены вспомогательные вещества и активное вещество, то название активного вещества нужно каким-то образом выделить, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества — ибупрофена; На заводе не предусмотрен синтез активного вещества (ибупрофена). Если в контексте сопоставляются разные активные вещества, название одного из них не будет поясняющим, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества ибупрофена, а синтез других активных веществ — предусмотрен. 

В русском тексте кавычки-«елочки» принято использовать и для оформления прямой речи, и для маркирования слов, употребленных в необычном значении, слов из другого стиля и т. д. Исключение составляют случаи, когда внутри слов, заключенных в кавычки, встречаются другие слова, в свою очередь заключенные в кавычки. Тогда рекомендуется использовать кавычки разного рисунка — «елочки» (внешние) и «лапки» (внутренние): работа В. И. Ленина «О карикатуре на марксизм и об "империалистическом экономизме"», ЗАО «Издательский дом "Комсомольская правда"», ООО «Компания "Металлинвест"».

Слова "дезинфектор" и "дезинсектор" обозначают разные профессии и задачи. 1. Дезинфектор — специалист, который занимается уничтожением или подавлением развития болезнетворных микроорганизмов. Деятельность дезинфектора включает проведение дезинфекций в различных помещениях с целью профилактики или ликвидации очагов инфекционных болезней. 2. Дезинсектор —  специалист, который занимается борьбой с насекомыми-вредителями, такими как тараканы, клопы, муравьи и другие. Деятельность дезинсектора включает проведение дезинсекции, что направлено на уничтожение и предотвращение размножения насекомых. Оба термина относятся к контролю и защите от вредных организмов, но различаются по отношению к угрозам разного вида.  

Ход рассуждения следующий.

Заменим местоимение существительным, вместо которого оно употреблено:

Не все растения прижились.

Ясно, что вместо (не) все растения возможны варианты многие растения, некоторые растения, сильные растения, слабые растения и т. д. Очевидно, что подлежащим является только существительное, а местоимение служит определением к нему. Определение является одним из второстепенных членов, но может играть решающую роль в формировании общего смысла предложения — как и другие второстепенные члены; однако это еще не основание для того, чтобы включать их в один из главных членов.

То же касается и исходного варианта предложения: подлежащее — они.

В предложении 4, бесспорно, допущена ошибка, так как действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом) должно относиться к подлежащему данного предложения. Ср. деепричастный оборот в других предложениях: 

1) Заблудившись в лесу, мы возвратились домой поздно. (Деепричастный оборот обычно предшествует сказуемому, если обозначает причину другого действия.)

2) Выйдя из-за облаков, луна осветила все вокруг. Деепричастный оборот обычно предшествует сказуемому, если обозначает предшествующее действие.

В предложениях 3) и 5) приаточные предложения следует заменить не деепричастным, а причастным оборотом:

3) Рожь, золотящаяся на солнце, была похожа на безбрежное море.

5) Уже распустившиеся ландыши издавали тонкий, нежный аромат весны.

Вот самая свежая фиксация в академическом орфографическом словаре на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

альпа́к, -а и альпа́ка, -и, род. мн. -ов и альпа́к [изменено, ср. РОС 2012: альпака́, нескл., м. и ж. (животное) и с. (шерсть, ткань)]

Таким образом, словарь признал, что слово это стало склоняемым, а ударение в нем падает на вторую а. В других словарях пока еще можно встретить старую рекомендацию не склонять это слово и произносить альпака́, но этот вариант стремительно уходит из языка.

Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

Сочетание близки друг другу — наиболее вероятное в этом случае. Обратимся к цитатам: «И когда он рассказывал мне о своей жизни, мне казалось, что мы уже давно знакомы и близки друг другу» [Н. С. Покровская. Дневник русской женщины (1932)]; «Юра даже не успел толком понять, так ли уж они близки друг другу» [Анна Берсенева. Возраст третьей любви (2005)]; «Они со школы еще — вроде близки друг другу, но каждый слишком был сам по себе» [И. Н. Вирабов. Андрей Вознесенский (2015)]. Другие примеры можно найти в Национальном корпусе русского языка.

Не всегда оправданны прямолинейные сопоставления в сфере глагольного словообразования. В судьбе лингвистического термина одушевленные существительные есть важная ступень — семантическое преобразование (метонимия), в основе которого лежит представление об именах, означающих одушевленные существа, и словосочетания имена одушевленных существ, имена предметов одушевленных. История категории одушевленности изначально связана с именами людей, активных, действующих лиц, затем падежные формы имен лиц распространились на названия животных, а также на другие группы существительных, обозначающих живые существа. В XIX веке лингвист Ф. И. Буслаев писал о русских существительных мужского рода: «...винительный имен одушевленных сходен с родительным».