В указанном месте нет оснований для постановки сразу двух знаков. Очевидно, автор, К. Г. Паустовский, использовал запятую и тире как единый знак, в целом довольно распространенный в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».

Сочувствуем, но правильно: принятых, но не отгруженных изделий. В данном случае не отгруженных — причастие, несмотря на формальное отсутствие зависомого слова. 

С приведенным тезисом, как и аргументами в его пользу, трудно согласиться в полной мере. Во-первых, слово копна тоже содержит общеславянский корень, обнаруживающий параллели в балтийских языках. Во-вторых, этимология далеко не всегда может быть основанием для выбора слова при переводе. Имеют значение семантические и стилистические характеристики слова и его ассоциативный ореол, обусловленный особенностями употребления. В случае со словом копна, возможно, важно то, что в современном языке оно употребляется преимущественно в переносном значении в сочетании копна волос.

Если вопрос действительно кто-то задавал именно в такой форме, его нужно оформить как прямую речь внутри слов автора: Ответ на вопрос «Зачем же тогда все эти усилия?», — в общем-то, очевиден: в силу практической пользы. (См. пункт г) параграфа 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.) Если же это предполагаемый вопрос или нет точного указания, кто его задает и в какой форме, его нужно представить как косвенный вопрос, в виде придаточной части сложноподчиненного предложения: Ответ на вопрос, зачем же тогда все эти усилия, в общем-то, очевиден: в силу практической пользы. Сочетание в силу практической пользы в любом случае нет оснований заключать в кавычки, поскольку контекст говорит о том, что это не прямая речь и не цитата.

К сожалению, правила недостаточно четко регламентируют данную ситуацию. При прямой речи, стоящей после слов автора и заканчивающейся вопросительным знаком, восклицательным или многоточием, точка не ставится (см. оформление примеров в § 196 Правил 1956 года). Однако Ваш пример ближе к предложениям, в которых при разных знаках внутри кавычек и в конце всего предложения, знак конца предложения все же ставится. Приведем правило из Полного академического справочника под ред. В. В. Лопатина (§ 159): «если перед закрывающей кавычкой стоит знак вопросительный, восклицательный или многоточие (и на этом предложение заканчивается), то те же знаки, необходимые по условиям всего предложения, не повторяются после закрывающей кавычки; неодинаковые знаки (перед кавычкой и после кавычки) ставятся». Ср. примеры: 

     Вы читали роман «Кто виноват?»

       Неужели вы не прочитали роман «Что делать?»!

Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать. 

Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.

И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.

Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.

Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.

В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.