Двоеточие в бессоюзном сложном предложении, распадающемся на две части, ставится, если вторая часть представляет собой прямой вопрос, как в Вашем случае.

На одушевленность слова лицо в значении 'человек' указывает «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка.

Лицо ('человек') – одушевленное существительное, но правильно: если вы обнаружили подозрительное лицо. Почему? Потому что окончания винительного падежа и родительного падежа совпадают у одушевленных существительных только во множественном числе. И лишь у существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения такое совпадение наблюдается и в единственном числе. У одушевленных существительных среднего рода в единственном числе винительный падеж совпадает с именительным. Поэтому верно: если вы обнаружили подозрительных лиц, но: если вы обнаружили подозрительное лицо.

В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду, так как в официальной документации на первое место выдвигается информация о должности (безотносительно к полу лица): Общество, в лице заместителя директора Ивановой Елены, действующего на основании Устава. 

1. Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. 2. В этом предложении тире факультативно.  

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Постановка знака после этикетных формул приветствия и благодарности не кодифицирована в справочниках по пунктуации. Она представлена в других источниках, в частности в пособиях по деловой переписке, где в образцах (шаблонах) деловых писем после формул приветствия, обращения, благодарности поставлены восклицательные знаки. На практике сегодня наблюдается тенденция ставить точку после слов благодарности, приветственной фразы письма и т. д.

С исторической точки зрения оба знака в указанной позиции равноправны. О. И. Северская в статье «Семантический ореол знаков препинания при обращении и приветствии в переписке», опубликованной в научном журнале «Труды института русского языка им. В. В. Виноградова» (№ 3, 2021), констатирует, что в эпистолярном подкорпусе Национального корпуса русского языка, включающем тексты писем XVIII–ХХ веков, «точек и восклицательных знаков при обращениях примерно поровну», то есть на практике никогда не существовало единой нормы в этой области.

При этом, отмечает исследователь, и знак точки, и восклицательный знак семантически амбивалентны: «Точка, с одной стороны, становится маркером как равноправных, деловых, дружеских или родственных отношений, так и диалога высшего с низшим, с другой стороны, точка маркирует негативные эмоции отправителя письма, его возмущение, тревогу, подавленность, а также воспринимается как знак грубости и неискренности адресанта. Восклицательный знак ведет себя как маркер уважительного отношения к адресату, широкого спектра положительных эмоций адресанта и одновременно воспринимается как крик, требование, манипуляция». Так или иначе, с точки зрения семантики ничто не препятствует каждому из этих двух знаков употребляться после этикетных формул.

Вопрос и правда не вполне соответствует «справочному» жанру. Ответу на него может быть посвящена целая лекция, или статья, или даже книга. Постараемся уложиться в несколько абзацев.

Русский язык, возможно, потому и стал одним из богатейших в мире, что всегда, во все эпохи (отнюдь не только в последнее время) был открыт для новых слов, приходящих из других языков. Исконно русских слов в русском языке очень мало. Многие слова, которые нам кажутся исконно русскими, были заимствованы в глубокой древности из других языков. Например, из скандинавских языков к нам пришли слова акула, кнут, сельдь, ябеда, из тюркских – деньги, карандаш, халат, из греческого – грамота, кровать, парус, тетрадь. Даже слово хлеб, очень вероятно, является заимствованием: ученые предполагают, что его источник – языки германской группы.

Нет сомнений, что слово хлеб русскому языку нужно. Мерчандайзер, пишете Вы, не нужно. Представим себе длинную прямую линию, на одном конце которой будет слово хлеб, а на другом – мерчандайзер. Где-то между хлебом и мерчандайзером будет проходить граница, разделяющая нужные и ненужные языку слова, обогащающие и «засоряющие» его. Но в силах ли кто-нибудь определить, где должна проходить эта граница? И нужна ли она вообще?

Сегодня многие полагают, что иностранные слова угрожают языку и, чтобы сохранить его, надо запретить заимствования. На самом деле, если мы запретим иностранные слова, мы просто-напросто остановим развитие языка. И вот тогда-то есть угроза, что мы начнем говорить на другом языке (например, на том же английском), ведь русский язык в этом случае не позволит нам выражать наши мысли полно и подробно. Иными словами, запрет на употребление иностранных слов ведет не к сохранению, а к уничтожению языка.

С пунктуацией при сочетании опять же ситуация непростая. См. в нашем «Справочнике по пунктуации»:

ОПЯТЬ ЖЕ, вводное слово (в начале предложения или части сложного предложения)

Служит отсылкой к сказанному прежде, указывает на связь между предложениями; то же, что «в добавление к сказанному, к тому же, кроме того». Интонационно отделяется от последующих слов. (...)

Опять же, у мужа Катерины фельшар есть ― друг-приятель ― так он мне лекарствия дает. Ф. Решетников, Тетушка Опарина. Вот я что думаю – не покажусь я им сразу. Издаля, по-тихому присмотрюсь. Опять же, соседа вызову, посовещаемся. Г. Владимов, Верный Руслан. Опять же, ведь и не быть тебе в Чердыни весь век, всё равно увезут… А. Иванов, Сердце Пармы.

При отсутствии интонационного выделения, а также при употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова «опять же» не являются вводными и не обособляются.

Опять же только начальство знало, что из этого получится, а начальством являлись Саша и Вадик. А. Гладилин, Прогноз на завтра. Но самих сторублевок они опять же не видели... А. Рыбаков, Тяжелый песок. Гнедые бывают. Карабахские ишаки опять же… А альбинос – это феномен. М. Веллер, Белый ослик. Знаешь эти хитрые тракторы «Беларусь»? Тут тебе и экскаватор, тут тебе и бульдозер, и тяговая сила опять же. В. Аксенов, Пора, мой друг, пора. Похоже на войну, только опять же на войну ночную с редкой перестрелкой... В. Астафьев. Пролетный гусь.

@ В текстах конца 19-го – начала 20-го века слова «опять же» в начале предложения часто отделялись двоеточием. И опять же: голос его был такой, что просился в душу… К. Станюкович, На другой галс. Опять же: в бога не веровала… ни тебе помолится, ни тебе перекрестится… М. Горький, Мещане.

Правила пунктуации говорят то же самое: запятой после слова которой здесь не должно быть. Вероятно, недосмотр корректора.

Органы управления образованием = органы, управляющие образованием. Органы управления образования = органы, входящие в состав такого органа, как управление образования.