Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

1. Запятые нужны, так как части после союза и представляют собой неполные предложения: Ваш успех можно объяснить только удачей, и больше ничем [нельзя объяснить]; Я не умру, пока не посажу тебя, и тебя тоже [посажу] (слово тоже, употребленное в качестве конкретизатора союза и, придает последней части присоединительный, факультативный характер).

2. Между инициалами действительно необходим пробел.

Правильно: зав. терапевтическим отделением.

Первая фраза неоднозначна, во второй неправильная пунктуация. Третья фраза пунктуационно корректна и однозначна (Теплов — представитель заказчика). 

Правильны оба варианта. В разговорной речи больше употребляется винительный падеж. Для книжно-письменной речи при глаголах восприятия, мысли предпочтительнее использование родительного падежа: не понял вопроса, не знал урока, не чувствовал боли, не заметил ошибки, не видел дорожного знака. Подробнее см. в «Письмовнике».

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...