В первом случае все равно что - сравнительный подчинительный союз, между его частями не ставится запятая; сравнение является частью грамматической основы простого предложения (сказуемым).
Во втором случае есть союз что, который соединяет части сложноподчиненного предложения, поэтому ставится запятая.
Обычно имена в кавычки не заключаются: В этой компании меня всегда называли Маша. Впрочем, в приведенном контексте слово Маша представлено как принадлежащее чужой речи, что делает кавычки уместными: А я всё нашу Марию не могу начать называть «Маша»; Но отличие в том, что я её никогда не называла «Маша».
Обратите внимание, что в данном случае перед как не нужна запятая, поскольку сравнительный оборот тесно связан со сказуемым: ощущает себя как в офисе.
Оба сочетания неуместны. Предлагаем такой вариант: Изучив презентацию, вы поймете, чем отличается синекдоха от других тропов.
Вот что говорится в экономическом словаре:
ПРЕДПРИЯТИЕ — самостоятельный хозяйствующий субъект с правами юридического лица, производящий продукцию, товары, услуги, выполняющий работы, занимающийся различными видами экономической деятельности. Различают государственные, муниципальные, коллективные, индивидуальные (семейные, частные) предприятия.
ОРГАНИЗАЦИЯ — (франц. organisation от лат. organizo — придаю стройный вид) — 1) строение, устройство системы; 2) составляющая процесса управления, суть которой — координация действий отдельных элементов системы, достижение взаимного соответствия функционирования ее частей; 3) форма объединения людей для их совместной деятельности в рамках определенной структуры; система, призванная выполнять заданные функции, решать определенный круг задач, например, предприятие, компания, школа, институт, банк, правительственное учреждение; 4) совокупность лиц, выступающих в качестве единого субъекта деятельности определенного вида, выполняющих определенную общую функцию, обладающих вытекающими из этого правами и несущих ответственность.
Запятая между главной частью и придаточной, присоединяемой простым союзом или союзным словом, не ставится, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и: Отличия «формы» от «материи» приобретают важное значение и когда Аристотель объясняет процесс познания человеком предметов бытия.
Смысловых и стилистических отличий нет, варианты уверен, что... и уверен в том, что... равноправны. Правильно также: думал, что...; надеялся, что...; надеялся на то, что... (но не думал то что...; надеялся то что).