Сочетание тем больше вероятности при переводе в положительную степень сравнения даст сомнительное много вероятности, а сочетание тем больше вероятность — большая вероятность. Поэтому следует предпочесть второй вариант: тем больше вероятность.

Сочетание неопределенного местоимения с прилагательным (нечто странное, что-то интересное и т. п.) трактуется как единое подлежащее (см.: Валгина Н. С. Современный русский язык. Синтаксис. М., 2003. С. 99).

Запятые в указанных позициях не нужны. Вводное сочетание в начале обособленного оборота не отделяется от него: Он брал из отцовской библиотеки, кстати сказать очень неплохой, книги по физике; Я человек уравновешенный, так сказать не склонный к эксцессам.

В предложениях типа Семья Ивановых приняла Сергея радушно, В семье Петровых случилось знаменательное событие существительное семья и фамилия, которую носят члены семьи, являются разными членами предложения. Фамилия в Р. п. служит несогласованным определением к сущ. семья.

Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).

Корректны варианты: Там, дальше, ещё и школа / Там дальше ещё и школа; Там, дальше, ещё лучше: много живности / Там дальше ещё лучше: много живности.

Пунктуация зависит от того, усматривает ли говорящий в наречии дальше уточнительное значение к наречию там.

В кавычки это сочетание заключать не нужно.

Выражения настойка из мяты и настойка на мяте совершенно корректны; ср.: настойка из многих трав; настойка на восьми травах. Слово коктейль обычно сочетается с предложно-именной группой типа из рома, лимонада, льда; из дыни, ананаса, груш; из джина и апельсинового сока. Возможно сочетание коктейль на основе джина. Сокращенный вариант коктейль на джине — примета разговорной речи.

Судя по данным Национального корпуса русского языка, оба сочетания возможны, но сочетание глубина мыслей встречается гораздо реже, а в современных текстах примеры его употребления и вовсе единичны. Глубина мысли предпочтительней.

Грамматически правильное сочетание построить в этом случае невозможно. Надо повторить слово значение (шесть значений и четыре значения) или перестроить высказывание.