Возможный вариант: «Исполнитель предоставляет Заказчику актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения, в том числе входящие в их состав актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения. Актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения и актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения по составу и содержанию должны соответствовать Правилам и Требованиям, утверждённым постановлением Правительства России от 05.09.2013 № 782, а также требованиям настоящего технического задания».

Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

Знаки препинания расставлены верно. 

Запятая ставится после закрывающей скобки: ...плана, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 23.11.2024 № 1620 «О внесении изменений в некоторые акты Правительства Российской Федерации» (далее — План), сообщаю...

В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.

Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.

В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:

...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?

Это очень непростой вопрос. Лингвисты, разумеется, кодифицируют ту или иную норму с опорой не только на действующие правила и языковые тенденции, но и на практику письма. Однако первична всё же теория, а не практика, если говорить коротко. Вот яркий пример —  кодификация вариантов параолимпийский и паралимпийский в академическом орфографическом словаре:  

параолимпи́йский и (офиц.) паралимпи́йский [изменено, ср. РОС 2012: параолимпи́йский]

паралимпи́йский (офиц.) и параолимпи́йский [добавление 2018].

Если обьяснять подробно, то ситуация такова: с точки зрения орфографических норм правильно только написание параолимпийский; однако официальные документы эту норму игнорируют, используя неверное написание паралимпийский, поэтому его тоже приходится фиксировать в словаре, но с пометой офиц. 

Абсолютных синонимов в языке практически не существует (см. языкознание и языковедение).

Большой толковый словарь русского языка

ТЕНДЕНЦИЯ [тэ; дэ], -и; ж. [нем. Tendenz из лат. tendere - стремиться, направляться]. (чего, к чему). 1. Направление развития, определённая склонность, стремление к чему-л. (общества, экономики, культуры и т.п.). Главная, основная т. Т. к росту, к снижению показателей. Общая т. образования. 2. Направленность во взглядах или действиях; основное намерение, свойственное кому-, чему-л. Демократические, консервативные, социальные тенденции литературы. Сепаратистские тенденции. Тенденции нового правительства. Т. к объединению. Обнаружилась, наметилась т. к чему-л. 3. Книжн. Предвзятая, пристрастная мысль, навязываемая читателю, зрителю, слушателю. Назойливая т. Идея произведения превратилась в тенденцию.

ЗАКОНОМЕ́РНОСТЬ, -и, ж. Обусловленность объективными законами; существование и развитие соответственно законам (в 5 знач. Признание объективной закономерности природы и приблизительно верного отражения этой закономерности в голове человека есть материализм. Ленин, Материализм и эмпириокритицизм. || Логически обоснованная последовательность, регулярность чего-л.

Запятая должна закрыть определительный оборот, начинающийся словом утвержденной, однако не вполне ясно, где он заканчивается. Предлагаем такой вариант: Во исполнение Дорожной карты по достижению показателя «Внедрение Платформы обратной связи» на территории Иркутской области в 2024 году, утвержденной первым заместителем Председателя Правительства Иркутской области Р. Л. Ситниковым приказом № 06-70-204/24 от 29 февраля 2024 года (далее соответственно – дорожная карта, ПОС), сообщаю следующее.

Корректно: Из следующей формулировки остаётся непонятным, должно ли быть выполнено согласно «Правилам противопожарного режима в Российской Федерации», утв. пост. Правительства от 16.09.2020 № 1479 (далее – ППР), только оснащение огнетушителями или еще и ремонт пожарных гидрантов и внутреннего противопожарного водопровода зданий: "На объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода, оснащение огнетушителями в соответствии с требованиями ППР". 

При такой формулировке высказывание оказывается двусмысленным, так как часть в соответствии с требованиями ППР может быть отнесена как к последнему из однородных членов, так и ко всему ряду. Корректно: В соответствии с требованиями ППР на объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода, оснащение огнетушителями или На объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода и в соответствии с требованиями ППР оснащение огнетушителями.