Точку следует ставить внутри скобок, так как в них заключено  самостоятельное завершённое предложение. 

Логичным будет поставить точку после фрагмента кода: Откройте этот файл и введите следующее содержимое: def add_one(number): return number + 1. Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям. Если есть опасение, что читатель воспримет точку как элемент кода, а не знак конца предложения в тексте-инструкции, можно отвести фрагменту кода отдельную строку:

Откройте этот файл и введите следующее содержимое:
ef add_one(number): return number + 1
Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям.

В предложении Мать любит дочь оба существительных могут быть как подлежащим, так и дополнением, потому что у существительных третьего склонения формы именительного и винительного падежей совпадают. Поэтому любое подобное предложение двусмысленно, и эта двусмысленность может сниматься только контекстом, в том числе элементарным распространением. Достаточно ввести в предложение хотя бы определение свой: Мать любит свою дочь / Свою мать любит дочь — и двусмысленность исчезает. Таким образом, решить, кто был пьян и кто кого избил, без контекста невозможно.
 

Да, это корректное оформление. В данном случае авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, см. примечание 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Действительно, лучше было бы в этом месте поставить точку и начать новое предложение.

Точку следует поставить после скобки, чтобы завершить предложение в целом. 
 

Поскольку вставка не образует целого предложения, точка ставится за скобкой: Мы собираемся организовать поход на Урал летом (возможно, в августе).

В приведенных случаях два глагола (сочетания), вводящих прямую речь, относятся к одному фрагменту прямой речи. Это выглядит стилистической ошибкой — плеоназмом. В первом случае плеоназм устраним только удалением из текста фразы отмечал А. Во втором случае можно поставить точку вместо двоеточия, и тогда сочетание выступил со словами благодарности перестанет быть сочетанием, вводящим прямую речь: На собрании выступил А. со словами благодарности. «Текст», — сказал спикер.

Словарь показывает модель склонения для сочетания притяжательного прилагательного и существительного мужского рода (ср. Бабий Яр). Следовательно, первая часть топонима изменяется как притяжательное прилагательное мужского рода (так же, как прилагательное отцов), а вторая — как существительное мужского рода (так же, как существительное город): в Часовом Яре, под Часовым Яром.

Корректно поставить точку. Это сложноподчинённое предложение с придаточным изъяснительным (средство связи — союз-частица ли), его главная часть (Уточните, пожалуйста) не представляет собой вопросительное предложение.