Здесь нет ничего необычного. В формах прошедшего времени в основе глагола используется та же гласная, что и в инфинитиве: кише-ть - кише-л. Гласная "И" в личных формах (кишит, кишим...) обусловлена спряжением (второе спряжение).

Да, конечно, корень в слове может быть выражен одним звуком, на письме - одной буквой. Но в форме слова шёл корень как раз выражен двумя буквами: Ш и Ё. 

Слово гражданка, безусловно, есть в русском языке. Однако, несмотря на свободное образование таких слов, как гражданка, студентка, учительница и т. д., они используются не во всех стилях речи. В строгой официально-деловой речи по отношению к лицам женского пола нередко используют слова мужского рода. Видимо, требование администрации связано с тем, что речь идет о базе данных, где всё должно быть четко, строго и единообразно.

В предложении знаки препинания расставлены правильно. 

Перенос объед-ение недопустим: нельзя отрывать согласную от следующей за ней гласной. Перенос объеде-ние верен. См. Правила переносов.

Можно так: И вот чистейшего фарфора белые колокольчики застенчиво глядят из зеленого раструба пергаментных листьев.

Слова бабушка и дедушка по-прежнему имена существительные. Скорее всего, ребенок неправильно понял объяснение учителя. Или что-то присочинил :)

В числительных одиннадцать, двенадцать и далее, вплоть до девятнадцать, выделяется суффикс -надцать. Именно поэтому отнесение таких числительных к сложным вызывает недоумение. С этим решением авторов учебника трудно согласиться. В академической «Русской грамматике» (1980) числительные такого типа отнесены к простым.

Интерфикс – это и есть соединительная гласная. В академической грамматике термин соединительная гласная, как правило, не используется, вместо него употребляются термины соединительная морфема, соединительный аффикс, интерфикс. Следует, однако, отметить, что к интерфиксам, помимо соединительных гласных, относят и некоторые другие части слов, например морфемы, омонимичные окончанию числительных: пят-и-этажка, дв-ух-этажный, тр-ёх-рублевый.