В подобных синтаксических конструкциях правилами правописания предусматривается постановка тире, а не запятой. Вообще запятая никогда не ставится между подлежащим и сказуемым в одной грамматической основе.

Мы по-прежнему руководствуемся полным академическим справочником «Правила русской орфографии и пунктуации» («Эксмо», 2006): с прописной буквы пишутся местоимения Вы, Ваш как форма выражения вежливости при обращении к одному конкретному лицу в письмах, официальных документах и т. п.

Правило о написании Вы с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу не является строго обязательным и применяется по желанию пишущего. Не будет ошибкой написание со строчной.

В действительности третий вариант наиболее удачен.

В таком контексте, который Вы описываете, следует вообще избегать использования слов "в завершении" (поскольку молитва не завершает программу).

Ударение в фамилии лингвиста ставится на первый слог: Ожегов.

Отсутствие переносов в тексте не является орфографической ошибкой. Оценка может быть снижена только в том случае, если в вузе существуют какие-то официально утвержденные внутривузовские нормы технического оформления курсовых работ, которых следует придерживаться студентам. Иначе говоря, чтобы признать нарушение каких-то оформительских норм, нужно эти нормы сперва утвердить и опубликовать. 

См. в «Письмовнике»: Как склонять географические названия?

В целях единообразия уместно использовать кавычки во всех случаях: Каждое блюдо посетитель может оценить по пятибалльной шкале: «отлично», «хорошо», «не знаю», «не очень» или «плохо».

Порядковое числительное пятитысячный образовалось от количественного пять тысяч сложением основ с суффиксацией, суффикс -н-. Гласная и выполняет соединительную функцию. О соединительных гласных можно прочитать в пособии Е. И. Литневской.

Да, оба варианта правомерны с точки зрения норм русского языка, причем конструкция «никаких длинных предысторий, в которых легко найти нестыковки» даже более удачна.