Запятая перед союзом "И" в этом предложении не нужна.

С большой буквы нужно писать официальные названия министерств, отечественных и зарубежных (то есть писать так, как эти названия оформляются в документах). А вот сочетания типа "минздрав США" можно написать со строчной.

Оборот по классу вокала корректен. В этом можно убедиться с помощью нормативных толковых словарей. Например, в Малом академическом словаре значение слова класс «подразделение учащихся в специальной школе (обычно художественной), занимающихся у определенного преподавателя или проходящих определенный предмет. Класс рояля, Класс живописи»  иллюстрируется примером: Я много работала у Добужинского по классу композиции и у Яковлева — по рисунку (Каверин, Перед зеркалом).

Возможны оба варианта. Если Вы используете форму единственного числа, то имеете в виду перец как продукт. Если множественного, то отдельные овощи.

Видимо, будущее этого территориального названия, местного по сфере употребления, за большой буквой, по общему правилу о написании географических и административно-территориальных названий (по этому же правилу кавычки не нужны). Близкий по значению пример — Большая земля (материк). Можно вспомнить и другие, похожие по составу, но отличные по значению, названия: Большая Москва, Большой Сочи. 

Знаки препинания расставлены корректно. Как показывает практика — вводная конструкция, она не образует единого целого с союзом однако. 

Пединститут пишется через И. Подынститут – правовой термин, например: институт брака и подынститут заключения брака.

Мы бы также выбрали третий вариант.

Синоним подобрать затруднительно.

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова, клиент – 1) лицо или учреждение, пользующиеся услугами адвоката, нотариуса, банка и т. п. (Клиенты сберкассы); 2) постоянный покупатель, заказчик, посетитель (Клиент всегда прав).