Вот самая свежая фиксация в академическом орфографическом словаре на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

альпа́к, -а и альпа́ка, -и, род. мн. -ов и альпа́к [изменено, ср. РОС 2012: альпака́, нескл., м. и ж. (животное) и с. (шерсть, ткань)]

Таким образом, словарь признал, что слово это стало склоняемым, а ударение в нем падает на вторую а. В других словарях пока еще можно встретить старую рекомендацию не склонять это слово и произносить альпака́, но этот вариант стремительно уходит из языка.

Использование аббревиатур в наименовании темы дипломной работы может быть уместным, если эти аббревиатуры общеприняты и широко известны в соответствующей профессиональной среде. Однако стоит учитывать несколько аспектов: 1. Понятность для широкой аудитории: Используемые аббревиатуры должны быть понятны не только специалистам узкого профиля, но и широкой академической аудитории. Если есть сомнения, лучше развернуть аббревиатуру или дать пояснение. 2. Требования учебного заведения. Обязательно нужно учитывать требования и рекомендации вашего учебного заведения по оформлению дипломных работ. Иногда университеты и институты могут иметь свои собственные правила относительно использования аббревиатур в темах работ. 3. Научный стиль. В научных текстах сокращения и аббревиатуры обычно поясняются при первом упоминании, особенно если они не являются общепринятыми или легко узнаваемыми. 

Это противоречие может быть вызвано вот чем: если ударение будет падать на О (Обручевский), останутся 3 безударных слога в конце слова, что неудобно для произношения. Похожая история с ударением в названии улицы Островитянова: словари фиксируют ударение на Я, несмотря на то что в фамилии человека, в честь которого названа улица, ударение падает на И. Причина та же: при произнесении ОстровИтянова остаются 3 безударных слога в конце слова. Неудивительно, что подобные приключения происходят именно с городскими географическими названиями, ведь они очень часто употребляются в живой беглой речи, где удобство произнесения становится главным фактором, а история происхождения названия отходит на второй план.

Ударение в слове гиппогриф падает на последний слог: гиппогри́ф.

См.: 

[В. А. Комаровский. «Гляжу в окно вагона-ресторана...» [Итальянские впечатления, 4] (1913)];

[Б. А. Нарциссов. Гиппогриф : «За Ливийской, в каменьях, живет гиппогриф...» (1958)]

[Б. А. Нарциссов. Гиппогриф : «За Ливийской, в каменьях, живет гиппогриф...» (1958)].

Да, слово индюшачий существует в русском языке и образовано от существительного индюшка по отнюдь не самой редкой словообразовательной модели, ср.: кошка – кошачий, лягушка – лягушачий и др. Здесь перед нами очень распространенный в русском языке суффикс -ий (прилагательные с этим суффиксом имеют значение «свойственный, присущий (реже – принадлежащий) тому, кто назван (что названо) мотивирующим словом»), который в приведенных примерах представлен морфом -ачий. Этот суффикс в словах, мотивированных названиями животных, может быть представлен и другими морфами: -ий, -ичий, -овий: лиса – лисий, рыба – рыбий, белка – беличий, слон – слоновий. Как видите, у индюшки здесь весьма большая и дружная компания, есть в ней и другие птицы: гага – гагачий, попугай – попугаичий. Подробнее об этой словообразовательной модели см. § 614–615 академической «Русской грамматики».

Деепричастия несовершенного вида есть не у всех глаголов НСВ; так, не образуются деепричастия НСВ:

— от глаголов на -чь: печь — *пекя(печа);
— от глаголов на -нуть: вянуть — *вяня;
— от некоторых глаголов на шипящий в основе настоящего времени: писать, пишут — *пиша, лижут — *лижа;
— от глаголов с основой настоящего времени, состоящей только из согласных, и производных от них: бить, бьют (бj-ут) —*бья.

Однако в реальности такая форма изредка используется в художественных текстах, например: Коснулось пропавшего без вести мужа Матрены, и золовкин муж, бья себя в грудь, доказывал мне...  [Александр Солженицын. Матренин двор (1960)]: Плясал, подлец, бья в алюминиевые ложки и распевая песню [Евгений Попов. Мелкие приключения Орла Орлова (1970-2000)] и др. 

Грамматических ошибок в строгом смысле слова здесь как будто бы нет. Конечно, ожидалось бы не «как только», а «если», но это, в конце концов, дело вкуса: можно утверждать, что событие «сгорел бы целый мир в огне» совершилось бы при условии, названном в придаточном; а можно — что оно совершилось бы сразу же, как только произойдет то, что названо в придаточном. По-видимому, автору было необходимо подчеркнуть второе, потому что условные отношения было бы легко передать союзом когда (бы).

Правда, звучит несколько неуклюже: то, что оставлено неблагозвучное «бтвоя» (оно и звучит плохо, и артикулируется с некоторым затруднением), выдает руку неопытного автора. Профессиональные поэты подобных стечений согласных обычно стремятся избегать.

Запрета на такое использование квадратных скобок нет. Квадратные скобки используются в специальных текстах, например:
1) для обозначения фонетической транскрипции;
2) для объяснения этимологии слова;
3) при цитировании: для расшифровки сокращений или внесения в текст мелких примечаний, например: Он [Платон Каратаев] сам не знал и не мог определить, сколько ему лет (Л. Толстой);
4) для указания на источник цитирования, например: Типографское назначение пунктуации состоит в «расчленении целого текста на части с тем, чтобы представить текст не как аморфную массу символов, а в виде единиц, быстро и четко различаемых глазом» [Веденина Л. Г., 1975, 156] (Н. Шубина);
5) для того, чтобы избежать употребления двойных скобок одного рисунка, например: добавка «Кола» [краситель «Карамель» (Е150)].

Да, знаки препинания расставлены корректно: при противопоставлении между частями сложного союза действительно ставится запятая, а внутри частей сложного предложения ставится тире для подчеркивания их однотипного построения.

С городскими географическими названиями такое иногда происходит: ударение в городском названии может отличаться от ударения в имени собственном, по которому это название было дано. Другие примеры см. в ответе на вопрос № 269990.